[日本語] English
万見
- SASDAX8: Ribokinase ThiM (ThiM) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAX8
試料Ribokinase ThiM
  • Ribokinase ThiM (protein), ThiM, Staphylococcus aureus
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structure of ThiM from Vitamin B1 biosynthetic pathway of Staphylococcus aureus - Insights into a novel pro-drug approach addressing MRSA infections.
著者: Julia Drebes / Madeleine Künz / Björn Windshügel / Alexey G Kikhney / Ingrid B Müller / Raphael J Eberle / Dominik Oberthür / Huaixing Cang / Dmitri I Svergun / Markus Perbandt / ...著者: Julia Drebes / Madeleine Künz / Björn Windshügel / Alexey G Kikhney / Ingrid B Müller / Raphael J Eberle / Dominik Oberthür / Huaixing Cang / Dmitri I Svergun / Markus Perbandt / Christian Betzel / Carsten Wrenger /
要旨: Infections caused by the methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are today known to be a substantial threat for global health. Emerging multi-drug resistant bacteria have created a ...Infections caused by the methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are today known to be a substantial threat for global health. Emerging multi-drug resistant bacteria have created a substantial need to identify and discover new drug targets and to develop novel strategies to treat bacterial infections. A promising and so far untapped antibiotic target is the biosynthesis of vitamin B1 (thiamin). Thiamin in its activated form, thiamin pyrophosphate, is an essential co-factor for all organisms. Therefore, thiamin analogous compounds, when introduced into the vitamin B1 biosynthetic pathway and further converted into non-functional co-factors by the bacterium can function as pro-drugs which thus block various co-factor dependent pathways. We characterized one of the key enzymes within the S. aureus vitamin B1 biosynthetic pathway, 5-(hydroxyethyl)-4-methylthiazole kinase (SaThiM; EC 2.7.1.50), a potential target for pro-drug compounds and analyzed the native structure of SaThiM and complexes with the natural substrate 5-(hydroxyethyl)-4-methylthiazole (THZ) and two selected substrate analogues.
登録者
  • Al Kikhney (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
モデル

モデル #338
タイプ: atomic / ソフトウェア: CORAL (05) / 対称性: P3 / カイ2乗値: 0.569
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #339
タイプ: dummy / ソフトウェア: dammif (r4556) / ダミー原子の半径: 2.00 A / 対称性: P3 / カイ2乗値: 0.484
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

-
試料

試料名称: Ribokinase ThiM / 試料濃度: 1.33-9.85
バッファ名称: Potassium phosphate / 濃度: 50.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 10 mM MgCl2
要素 #205名称: ThiM / タイプ: protein / 記述: Ribokinase ThiM / 分子量: 29.8 / 分子数: 3 / 由来: Staphylococcus aureus
配列: MNYLNNIRIE NPLTICYTND VVKNFTANGL LSIGASPAMS EAPEEAEEFY KVAQALLINI GTLTAQNEQD IIAIAQTANE AGLPIVFDPV AVGASTYRKQ FCKLLLKSAK VSVIKGNASE ILALIDDTAT MKGTDSDANL DAVTIAKKAY AIYKTAIVIT GKEDVIVQGD ...配列:
MNYLNNIRIE NPLTICYTND VVKNFTANGL LSIGASPAMS EAPEEAEEFY KVAQALLINI GTLTAQNEQD IIAIAQTANE AGLPIVFDPV AVGASTYRKQ FCKLLLKSAK VSVIKGNASE ILALIDDTAT MKGTDSDANL DAVTIAKKAY AIYKTAIVIT GKEDVIVQGD KAIVLANGSP LLARVTGAGC LLGGIIAGFL FRETEPDIEA LIEAVSVFNI AAEVAAENEN CGGPGTFSPL LLDTLYHLNE TTYQQRIRIQ EVEenlyfqs ghhhhhh

-
実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Ribokinase ThiM / 測定日: 2010年11月19日 / セル温度: 12 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1821 6.0155
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 982 /
MinMax
Q0.288623 2.97175
P(R) point1 982
R0 9
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量77 kDa90.66 kDa
体積-145.06 nm3

GuinierP(R)Guinier error
前方散乱 I047.26 --
慣性半径, Rg 2.972 nm2.866 nm0.198

MinMax
D-9
Guinier point32 95

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る