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万見
- SASDAX4: uPAR wild-type ATF complex (Urokinase plasminogen activator surfa... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAX4
試料uPAR wild-type ATF complex
  • Urokinase plasminogen activator surface receptor (protein), uPAR, Homo sapiens
  • Urokinase-type plasminogen activator (protein), ATF, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane / smooth muscle cell migration / positive regulation of DNA binding / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / tertiary granule membrane / regulation of proteolysis / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / cell projection / positive regulation of protein phosphorylation / chemotaxis / blood coagulation / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / protein domain specific binding / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Snake toxin-like superfamily / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily ...CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Snake toxin-like superfamily / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase-type plasminogen activator / Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2012
タイトル: A flexible multidomain structure drives the function of the urokinase-type plasminogen activator receptor (uPAR).
著者: Haydyn D T Mertens / Magnus Kjaergaard / Simon Mysling / Henrik Gårdsvoll / Thomas J D Jørgensen / Dmitri I Svergun / Michael Ploug /
要旨: The urokinase-type plasminogen activator receptor (uPAR) provides a rendezvous between proteolytic degradation of the extracellular matrix and integrin-mediated adhesion to vitronectin. These ...The urokinase-type plasminogen activator receptor (uPAR) provides a rendezvous between proteolytic degradation of the extracellular matrix and integrin-mediated adhesion to vitronectin. These processes are, however, tightly linked because the high affinity binding of urokinase regulates the binding of uPAR to matrix-embedded vitronectin. Although crystal structures exist to define the corresponding static bi- and trimolecular receptor complexes, it is evident that the dynamic property of uPAR plays a decisive role in its function. In the present study, we combine small angle x-ray scattering, hydrogen-deuterium exchange, and surface plasmon resonance to develop a structural model describing the allosteric regulation of uPAR. We show that the flexibility of its N-terminal domain provides the key for understanding this allosteric mechanism. Importantly, our model has direct implications for understanding uPAR-assisted cell adhesion and migration as well as for translational research, including targeted intervention therapy and non-invasive tumor imaging in vivo.
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: uPAR wild-type ATF complex / Sample MW: 85.49 kDa / 試料濃度: 1.50-4.40 / 濃度測定法: A280 / Entity id: 66 / 67
バッファ名称: Sodium Phosphate / 濃度: 25.00 mM / pH: 7.2 / 組成: Glycerol 5.000 %, NaSO4 50.000 mM
要素 #66名称: uPAR / タイプ: protein / 記述: Urokinase plasminogen activator surface receptor / 分子量: 36.98 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q03405
配列: MGHPPLLPLL LLLHTCVPAS WGLRCMQCKT NGDCRVEECA LGQDLCRTTI VRLWEEGEEL ELVEKSCTHS EKTNRTLSYR TGLKITSLTE VVCGLDLCNQ GNSGRAVTYS RSRYLECISC GSSDMSCERG RHQSLQCRSP EEQCLDVVTH WIQEGEEGRP KDDRHLRGCG ...配列:
MGHPPLLPLL LLLHTCVPAS WGLRCMQCKT NGDCRVEECA LGQDLCRTTI VRLWEEGEEL ELVEKSCTHS EKTNRTLSYR TGLKITSLTE VVCGLDLCNQ GNSGRAVTYS RSRYLECISC GSSDMSCERG RHQSLQCRSP EEQCLDVVTH WIQEGEEGRP KDDRHLRGCG YLPGCPGSNG FHNNDTFHFL KCCNTTKCNE GPILELENLP QNGRQCYSCK GNSTHGCSSE ETFLIDCRGP MNQCLVATGT HEPKNQSYMV RGCATASMCQ HAHLGDAFSM NHIDVSCCTK SGCNHPDLDV QYRSGAAPQP GPAHLSLTIT LLMTARLWGG TLLWT
要素 #67名称: ATF / タイプ: protein / 記述: Urokinase-type plasminogen activator / 分子量: 48.51 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P00749
配列: MRALLARLLL CVLVVSDSKG SNELHQVPSN CDCLNGGTCV SNKYFSNIHW CNCPKKFGGQ HCEIDKSKTC YEGNGHFYRG KASTDTMGRP CLPWNSATVL QQTYHAHRSD ALQLGLGKHN YCRNPDNRRR PWCYVQVGLK PLVQECMVHD CADGKKPSSP PEELKFQCGQ ...配列:
MRALLARLLL CVLVVSDSKG SNELHQVPSN CDCLNGGTCV SNKYFSNIHW CNCPKKFGGQ HCEIDKSKTC YEGNGHFYRG KASTDTMGRP CLPWNSATVL QQTYHAHRSD ALQLGLGKHN YCRNPDNRRR PWCYVQVGLK PLVQECMVHD CADGKKPSSP PEELKFQCGQ KTLRPRFKII GGEFTTIENQ PWFAAIYRRH RGGSVTYVCG GSLISPCWVI SATHCFIDYP KKEDYIVYLG RSRLNSNTQG EMKFEVENLI LHKDYSADTL AHHNDIALLK IRSKEGRCAQ PSRTIQTICL PSMYNDPQFG TSCEITGFGK ENSTDYLYPE QLKMTVVKLI SHRECQQPHY YGSEVTTKML CAADPQWKTD SCQGDSGGPL VCSLQGRMTL TGIVSWGRGC ALKDKPGVYT RVSHFLPWIR SHTKEENGLA L

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: uPAR wild-type ATF complex / 測定日: 2010年6月10日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 30 sec. / フレーム数: 4 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0675 6.3452
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 374 /
MinMax
Q0.2191 2.224
P(R) point57 430
R0 9.38
結果
カーブのタイプ: merged / Standard: BSA /
実験値StandardPorod
分子量58 kDa58 kDa-
体積--102 nm3

GuinierP(R)
前方散乱 I062.3 -
慣性半径, Rg 2.8 nm2.8 nm

MinMax
D-9.4
Guinier point57 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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