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万見
- SASDAG5: RNA shaperone Hfq (RNA chaperone Hfq, Hfq) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAG5
試料RNA shaperone Hfq
  • RNA chaperone Hfq (protein), Hfq, Escherichia coli
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the dynamics and function of the C-terminus of the E. coli RNA chaperone Hfq.
著者: Mads Beich-Frandsen / Branislav Vecerek / Petr V Konarev / Björn Sjöblom / Karin Kloiber / Hermann Hämmerle / Lukas Rajkowitsch / Andrew J Miles / Georg Kontaxis / B A Wallace / Dimitri I ...著者: Mads Beich-Frandsen / Branislav Vecerek / Petr V Konarev / Björn Sjöblom / Karin Kloiber / Hermann Hämmerle / Lukas Rajkowitsch / Andrew J Miles / Georg Kontaxis / B A Wallace / Dimitri I Svergun / Robert Konrat / Udo Bläsi / Kristina Djinovic-Carugo /
要旨: The hexameric Escherichia coli RNA chaperone Hfq (Hfq(Ec)) is involved in riboregulation of target mRNAs by small trans-encoded RNAs. Hfq proteins of different bacteria comprise an evolutionarily ...The hexameric Escherichia coli RNA chaperone Hfq (Hfq(Ec)) is involved in riboregulation of target mRNAs by small trans-encoded RNAs. Hfq proteins of different bacteria comprise an evolutionarily conserved core, whereas the C-terminus is variable in length. Although the structure of the conserved core has been elucidated for several Hfq proteins, no structural information has yet been obtained for the C-terminus. Using bioinformatics, nuclear magnetic resonance spectroscopy, synchrotron radiation circular dichroism (SRCD) spectroscopy and small angle X-ray scattering we provide for the first time insights into the conformation and dynamic properties of the C-terminal extension of Hfq(Ec). These studies indicate that the C-termini are flexible and extend laterally away from the hexameric core, displaying in this way features typical of intrinsically disordered proteins that facilitate intermolecular interactions. We identified a minimal, intrinsically disordered region of the C-terminus supporting the interactions with longer RNA fragments. This minimal region together with rest of the C-terminal extension provides a flexible moiety capable of tethering long and structurally diverse RNA molecules. Furthermore, SRCD spectroscopy supported the hypothesis that RNA fragments exceeding a certain length interact with the C-termini of Hfq(Ec).
登録者
  • Petr Konarev (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #115
タイプ: dummy / ソフトウェア: Dammin / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P6 / カイ2乗値: 6.853924
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #116
タイプ: mix / ソフトウェア: Bunch / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P6 / カイ2乗値: 4.9284
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: RNA shaperone Hfq / Sample MW: 67.2 kDa / 試料濃度: 2.30-18.50
バッファ名称: 50 mM Tris-HCL / pH: 7.5 / 組成: 150 mM NaCl, 1.0 mM DTT
要素 #90名称: Hfq / タイプ: protein / 記述: RNA chaperone Hfq / 分子量: 11.2 / 分子数: 6 / 由来: Escherichia coli
配列:
MAKGQSLQDP FLNALRRERV PVSIYLVNGI KLQGQIESFD QFVILLKNTV SQMVYKHAIS TVVPSRPVSH HSNNAGGGTS SNYHHGSSAQ NTSAQQDSEE TE

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 345 Image Plate
スキャン
測定日: 2008年5月2日 / 保管温度: 37 °C / セル温度: 37 °C / 照射時間: 120 sec. / フレーム数: 2 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1549 5.1708
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 416 /
MinMax
Q0.1563 5.163
P(R) point1 416
R0 11
結果
D max: 11.2 / カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量67.2 kDa-
体積-110 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I0133 130
慣性半径, Rg 3.23 nm3.2 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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