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万見
- SASDAD5: Nucleoplasmin_ImpA_ImpB (Nucleoplasmin_importinA_importinB, NP_Im... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAD5
試料Nucleoplasmin_ImpA_ImpB
  • Nucleoplasmin_importinA_importinB (protein), NP_ImpA_ImpB, Escherichia coli
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Recognition of nucleoplasmin by its nuclear transport receptor importin α/β: insights into a complete import complex.
著者: Jorge Falces / Igor Arregi / Petr V Konarev / María A Urbaneja / Dmitri I Svergun / Stefka G Taneva / Sonia Bañuelos /
要旨: Nuclear import of the pentameric histone chaperone nucleoplasmin (NP) is mediated by importin α, which recognizes its nuclear localization sequence (NLS), and importin β, which interacts with α ...Nuclear import of the pentameric histone chaperone nucleoplasmin (NP) is mediated by importin α, which recognizes its nuclear localization sequence (NLS), and importin β, which interacts with α and is in charge of the translocation of the NP/α/β complex through the nuclear pore. Herein, we characterize the assembly of a functional transport complex formed by full-length NP with importin α/β. Isothermal titration calorimetry (ITC) was used to analyze the thermodynamics of the interactions of importin α with β, α with NP, and the α/β heterodimer with NP. Our data show that binding of both importin α and α/β to NP is governed by a favorable enthalpic contribution and that NP can accommodate up to five importin molecules per NP pentamer. Phosphomimicking mutations of NP, which render the protein active in histone chaperoning, do not modulate the interaction with importin. Using small-angle X-ray scattering, we model the α/β heterodimer, NP/α, and NP/α/β solution structures, which reveal a glimpse of a complete nuclear import complex with an oligomeric cargo protein. The set of alternative models, equally well fitting the scattering data, yields asymmetric elongated particles that might represent consecutive geometries the complex can adopt when stepping through the nuclear pore.
登録者
  • Petr Konarev (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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モデル

モデル #109
タイプ: dummy / ソフトウェア: Dammif / ダミー原子の半径: 5.00 A / カイ2乗値: 1.540081
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モデル #110
タイプ: atomic / ソフトウェア: Sasref / カイ2乗値: 3.8809
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試料

試料名称: Nucleoplasmin_ImpA_ImpB / Sample MW: 900 kDa / 試料濃度: 1.00-4.00
バッファ名称: 50 mM Tris-HCL / pH: 7.5 / 組成: 150 mM NaCl, 1.0 mM DTT
要素 #86名称: NP_ImpA_ImpB / タイプ: protein / 記述: Nucleoplasmin_importinA_importinB / 分子量: 900 / 由来: Escherichia coli
配列: MASTVSNTSK LEKPVVSLIW GCELNEQNKT FEFKVEDDEE KCEHQLALRT VCLGDKAKDE FHIVEIVTQE EGAEKSVPIA TLKPSILPMA TMVGIELTPP VTFRLKAGSG PLYISGQHVA MASTVSNTSK LEKPVMASTV SNTSKLEKPV MASTVSNTSK LEKPVMASTV ...配列:
MASTVSNTSK LEKPVVSLIW GCELNEQNKT FEFKVEDDEE KCEHQLALRT VCLGDKAKDE FHIVEIVTQE EGAEKSVPIA TLKPSILPMA TMVGIELTPP VTFRLKAGSG PLYISGQHVA MASTVSNTSK LEKPVMASTV SNTSKLEKPV MASTVSNTSK LEKPVMASTV SNTSKLEKPV VSLIWGCELN EQNKTFEFKV EDDEEKCEHQ LALRTVCLGD KAKDEFHIVE IVTQEEGAEK SVPIATLKPS ILPMATMVGI ELTPPVTFRL KAGSGPLYIS GQHVAVSLIW GCELNEQNKT FEFKVEDDEE KCEHQLALRT VCLGDKAKDE FHIVEIVTQE EGAEKSVPIA TLKPSILPMA TMVGIELTPP VTFRLKAGSG PLYISGQHVA VSLIWGCELN EQNKTFEFKV EDDEEKCEHQ LALRTVCLGD KAKDEFHIVE IVTQEEGAEK SVPIATLKPS ILPMATMVGI ELTPPVTFRL KAGSGPLYIS GQHVAVSLIW GCELNEQNKT FEFKVEDDEE KCEHQLALRT VCLGDKAKDE FHIVEIVTQE EGAEKSVPIA TLKPSILPMA TMVGIELTPP VTFRLKAGSG PLYISGQHVA MEEDYSWAEE EDEGEAEGEE EEEEEEDQES PPKAVKRPAA TKKAGQAKKK KLDKEDESSE EDSPTKKGKG AGRGRKPAAK KMEEDYSWAE EEDEGEAEGE EEEEEEEDQE SPPKAVKRPA ATKKAGQAKK KKLDKEDESS EEDSPTKKGK GAGRGRKPAA KKMEEDYSWA EEEDEGEAEG EEEEEEEEDQ ESPPKAVKRP AATKKAGQAK KKKLDKEDES SEEDSPTKKG KGAGRGRKPA AKKMEEDYSW AEEEDEGEAE GEEEEEEEED QESPPKAVKR PAATKKAGQA KKKKLDKEDE SSEEDSPTKK 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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: NP_ImpA_impB / 測定日: 2008年5月23日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 120 sec. / フレーム数: 2 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.107 1.4674
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 245 /
MinMax
Q0.107 1.092
P(R) point1 245
R0 25
結果
D max: 28 / カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量860 kDa-
体積-1800 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I04072 4070
慣性半径, Rg 8.57 nm8.55 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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