[日本語] English
万見
- SASDAB2: Cytochrome c from equine heart (Cytochrome c, CytoC + Heme C) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAB2
試料Cytochrome c from equine heart
  • Cytochrome c (protein), CytoC, Equus caballus
  • Heme C (other), Heme C
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Equus caballus (ウマ)
登録者
  • Cy M Jeffries (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
モデル

モデル #15
タイプ: atomic / ソフトウェア: (2.8.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: 1AKK / カイ2乗値: 1.068
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

-
試料

試料名称: Cytochrome c from equine heart / Purity method: gel filtration / Sample MW: 35.3 kDa / 試料濃度: 10 mg/ml / 濃度測定法: nanodrop / Entity id: 1445 / 1446
バッファ名称: 25 mM HEPES, 100 mM NaCl, 3% v/v glycerol / pH: 7.5
要素 #1445名称: CytoC / タイプ: protein / 記述: Cytochrome c / 分子量: 11.701 / 分子数: 1 / 由来: Equus caballus / 参照: UniProt: P00004
配列:
GDVEKGKKIF VQKCAQCHTV EKGGKHKTGP NLHGLFGRKT GQAPGFTYTD ANKNKGITWK EETLMEYLEN PKKYIPGTKM IFAGIKKKTE REDLIAYLKK ATNE
要素 #1446名称: Heme C / タイプ: other / 記述: Heme C / 分子量: 0.618 / 分子数: 1
配列:
C34H34FeN4 O4

-
実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 6M
スキャン
タイトル: Cytochrome c from equine heart / 測定日: 2018年4月8日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.5 sec. / フレーム数: 58 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1512 6.921
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 2185 /
MinMax
Q0.151155 6.17122
P(R) point1 2185
R0 3.66
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量10 kDa8.5 kDa
体積-11.5 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I01211 1.44 1206.41 1.63
慣性半径, Rg 1.3 nm0.002 1.3 nm0.02

MinMax
D-3.66
Guinier point7 301

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る