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万見
- SASDA86: NetrinVIV DCC56(M933R) complex (Netrin-1, NetrinVIV + Deleted in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDA86
試料NetrinVIV DCC56(M933R) complex
  • Netrin-1 (protein), NetrinVIV, Homo sapiens
  • Deleted in Colorectal Cancer (FN5 & FN6) M933R mutant (protein), DCC56 (M933R), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glial cell migration / DSCAM interactions / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / Cdc42 protein signal transduction / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / motor neuron migration / negative regulation of axon extension ...regulation of glial cell migration / DSCAM interactions / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / Cdc42 protein signal transduction / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / motor neuron migration / negative regulation of axon extension / Netrin mediated repulsion signals / substrate-dependent cell migration, cell extension / mammary gland duct morphogenesis / nuclear migration / positive regulation of cell motility / DCC mediated attractive signaling / inner ear morphogenesis / regulation of synapse assembly / basement membrane / glial cell proliferation / positive regulation of axon extension / positive regulation of glial cell proliferation / cell-cell adhesion / actin cytoskeleton / Ras protein signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / extracellular region / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Laminin, N-terminal / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain ...: / Laminin, N-terminal / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / EGF-like domain signature 1. / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2014
タイトル: The crystal structure of netrin-1 in complex with DCC reveals the bifunctionality of netrin-1 as a guidance cue.
著者: Lorenzo I Finci / Nina Krüger / Xiaqin Sun / Jie Zhang / Magda Chegkazi / Yu Wu / Gundolf Schenk / Haydyn D T Mertens / Dmitri I Svergun / Yan Zhang / Jia-Huai Wang / Rob Meijers /
要旨: Netrin-1 is a guidance cue that can trigger either attraction or repulsion effects on migrating axons of neurons, depending on the repertoire of receptors available on the growth cone. How a single ...Netrin-1 is a guidance cue that can trigger either attraction or repulsion effects on migrating axons of neurons, depending on the repertoire of receptors available on the growth cone. How a single chemotropic molecule can act in such contradictory ways has long been a puzzle at the molecular level. Here we present the crystal structure of netrin-1 in complex with the Deleted in Colorectal Cancer (DCC) receptor. We show that one netrin-1 molecule can simultaneously bind to two DCC molecules through a DCC-specific site and through a unique generic receptor binding site, where sulfate ions staple together positively charged patches on both DCC and netrin-1. Furthermore, we demonstrate that UNC5A can replace DCC on the generic receptor binding site to switch the response from attraction to repulsion. We propose that the modularity of binding allows for the association of other netrin receptors at the generic binding site, eliciting alternative turning responses.
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: NetrinVIV DCC56(M933R) complex / 試料濃度: 0.30-3.90 / Entity id: 113 / 118
バッファ名称: MES / 濃度: 25.00 mM / pH: 7 / コメント: MES/TRIS
組成: NaCl 200.000 mM, Tris 50.000 mM, (NH4)2(SO4) 0.200 M ammonium sulfate, CaCl2 1.000 mM calcium chloride
要素 #113名称: NetrinVIV / タイプ: protein / 記述: Netrin-1 / 分子量: 49.1 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: O95631
配列: GPGLSMFAGQ AAQPDPCSDE NGHPRRCIPD FVNAAFGKDV RVSSTCGRPP ARYCVVSERG EERLRSCHLC NASDPKKAHP PAFLTDLNNP HNLTCWQSEN YLQFPHNVTL TLSLGKKFEV TYVSLQFCSP RPESMAIYKS MDYGRTWVPF QFYSTQCRKM YNRPHRAPIT ...配列:
GPGLSMFAGQ AAQPDPCSDE NGHPRRCIPD FVNAAFGKDV RVSSTCGRPP ARYCVVSERG EERLRSCHLC NASDPKKAHP PAFLTDLNNP HNLTCWQSEN YLQFPHNVTL TLSLGKKFEV TYVSLQFCSP RPESMAIYKS MDYGRTWVPF QFYSTQCRKM YNRPHRAPIT KQNEQEAVCT DSHTDMRPLS GGLIAFSTLD GRPSAHDFDN SPVLQDWVTA TDIRVAFSRL HTFGDENEDD SELARDSYFY AVSDLQVGGR CKCNGHAARC VRDRDDSLVC DCRHNTAGPE CDRCKPFHYD RPWQRATARE ANECVACNCN LHARRCRFNM ELYKLSGRKS GGVCLNCRHN TAGRHCHYCK EGYYRDMGKP ITHRKACKAC DCHPVGAAGK TCNQTTGQCP CKDGVTGITC NRCAKGYQQS RSPIAPCIKE LHHHHHH
要素 #118名称: DCC56 (M933R) / タイプ: protein
記述: Deleted in Colorectal Cancer (FN5 & FN6) M933R mutant
分子量: 25.5 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens
配列: MLPPVGVQAV ALTHDAVRVS WADNSVPKNQ KTSEVRLYTV RWRTSFSASA KYKSEDTTSL SYTATGLKPN TMYEFSVMVT KNRRSSTWSR TAHATTYEAA PTSAPKDLTV ITREGKPRAV IVSWQPPLEA NGKITAYILF YTLDKNIPID DWIMETISGD RLTHQIMDLN ...配列:
MLPPVGVQAV ALTHDAVRVS WADNSVPKNQ KTSEVRLYTV RWRTSFSASA KYKSEDTTSL SYTATGLKPN TMYEFSVMVT KNRRSSTWSR TAHATTYEAA PTSAPKDLTV ITREGKPRAV IVSWQPPLEA NGKITAYILF YTLDKNIPID DWIMETISGD RLTHQIMDLN LDTMYYFRIQ ARNSKGVGPL SDPILFRTLK LEVLFQGPGG HHHHHHGGWS HPQFEK

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: NetrinVIV DCC56(M933R) complex / 測定日: 2013年8月26日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0516 3.4968
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 474 /
MinMax
Q0.1265 2.014
P(R) point38 511
R0 13.9
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量42 kDa-
体積-95 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I01260 1270
慣性半径, Rg 4 nm4 nm

MinMax
D-14
Guinier point38 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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