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- PDB-9ydt: LPHT-ring in Vibrio cholerae at disassembled, closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ydt
タイトルLPHT-ring in Vibrio cholerae at disassembled, closed state
要素
  • Flagellar L-ring protein
  • Flagellar P-ring protein
  • Flagellar assembly lipoprotein FlgP
  • Flagellar protein FlgT
  • Sodium-type flagellar protein MotY
キーワードMOTOR PROTEIN / In situ cryo-EM / sheathed flagellar motor / Vibrio cholerae / LP-ring / disassembled state / close state
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, distal rod, L ring / bacterial-type flagellum basal body, distal rod, P ring / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Flagellar assembly protein T, N-terminal / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal / FlgT, C-terminal domain superfamily / Flagellar assembly protein T, C-terminal domain / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, N-terminal domain / FlgT, N-terminal domain superfamily / MotY N-terminal domain / MotY N-terminal domain ...Flagellar assembly protein T, N-terminal / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal / FlgT, C-terminal domain superfamily / Flagellar assembly protein T, C-terminal domain / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, N-terminal domain / FlgT, N-terminal domain superfamily / MotY N-terminal domain / MotY N-terminal domain / Flagellar protein FlgP / Flagellar L-ring protein / Flagellar L-ring protein / Flagellar P-ring protein / Flagellar P-ring protein / : / OmpA-like domain profile. / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar assembly lipoprotein FlgP / Flagellar protein FlgT / Flagellar L-ring protein / Flagellar P-ring protein / Sodium-type flagellar protein MotY
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Guo, W. / Yue, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI087946 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI132818 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: In-situ cryo-EM structures reveal mechanisms of sheathed flagellar assembly, rotation, and disassembly in Vibrio cholerae
著者: Wangbiao, G. / Rajeev, K. / Jian, Y.
履歴
登録2025年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月10日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月10日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月10日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: Flagellar L-ring protein
Ab: Flagellar L-ring protein
Ac: Flagellar L-ring protein
Ad: Flagellar L-ring protein
Ae: Flagellar L-ring protein
Af: Flagellar L-ring protein
Ag: Flagellar L-ring protein
Ah: Flagellar L-ring protein
Ai: Flagellar L-ring protein
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Ak: Flagellar L-ring protein
Al: Flagellar L-ring protein
Am: Flagellar L-ring protein
An: Flagellar L-ring protein
Ao: Flagellar L-ring protein
Ap: Flagellar L-ring protein
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Ar: Flagellar L-ring protein
As: Flagellar L-ring protein
At: Flagellar L-ring protein
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Aw: Flagellar L-ring protein
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Bd: Flagellar P-ring protein
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Bf: Flagellar P-ring protein
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Bk: Flagellar P-ring protein
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Bn: Flagellar P-ring protein
Bo: Flagellar P-ring protein
Bp: Flagellar P-ring protein
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Br: Flagellar P-ring protein
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Bt: Flagellar P-ring protein
Bu: Flagellar P-ring protein
Bv: Flagellar P-ring protein
Bw: Flagellar P-ring protein
Bx: Flagellar P-ring protein
By: Flagellar P-ring protein
Bz: Flagellar P-ring protein
Ca: Flagellar protein FlgT
Cb: Flagellar protein FlgT
Cc: Flagellar protein FlgT
Cd: Flagellar protein FlgT
Ce: Flagellar protein FlgT
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Ch: Flagellar protein FlgT
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Cl: Flagellar protein FlgT
Cm: Flagellar protein FlgT
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Co: Flagellar protein FlgT
Cp: Flagellar protein FlgT
Cq: Flagellar protein FlgT
Cr: Flagellar protein FlgT
Cs: Flagellar protein FlgT
Ct: Flagellar protein FlgT
Cu: Flagellar protein FlgT
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Cw: Flagellar protein FlgT
Cx: Flagellar protein FlgT
Cy: Flagellar protein FlgT
Cz: Flagellar protein FlgT
Da: Sodium-type flagellar protein MotY
Db: Sodium-type flagellar protein MotY
Dc: Sodium-type flagellar protein MotY
Dd: Sodium-type flagellar protein MotY
De: Sodium-type flagellar protein MotY
Df: Sodium-type flagellar protein MotY
Dg: Sodium-type flagellar protein MotY
Dh: Sodium-type flagellar protein MotY
Di: Sodium-type flagellar protein MotY
Dj: Sodium-type flagellar protein MotY
Dk: Sodium-type flagellar protein MotY
Dl: Sodium-type flagellar protein MotY
Dm: Sodium-type flagellar protein MotY
Dn: Sodium-type flagellar protein MotY
Do: Sodium-type flagellar protein MotY
Dp: Sodium-type flagellar protein MotY
Dq: Sodium-type flagellar protein MotY
Dr: Sodium-type flagellar protein MotY
Ds: Sodium-type flagellar protein MotY
Dt: Sodium-type flagellar protein MotY
Du: Sodium-type flagellar protein MotY
Dv: Sodium-type flagellar protein MotY
Dw: Sodium-type flagellar protein MotY
Dx: Sodium-type flagellar protein MotY
Dy: Sodium-type flagellar protein MotY
Dz: Sodium-type flagellar protein MotY
Fa: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fb: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fc: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fd: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fe: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Ff: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fg: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fh: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fi: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fj: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fk: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fl: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fm: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fn: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fo: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fp: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fq: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fr: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fs: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Ft: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fu: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fv: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fw: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fx: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fy: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Fz: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Ga: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gb: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gc: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gd: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Ge: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gf: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gg: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gh: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gi: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gj: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gk: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gl: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gm: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gn: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Go: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gp: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gq: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gr: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gs: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gt: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gu: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gv: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gw: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gx: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gy: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Gz: Flagellar assembly lipoprotein FlgP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,501,121156
ポリマ－3,501,121156
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Flagellar L-ring protein / Basal body L-ring protein


分子量: 24256.520 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
参照: UniProt: Q9KQ13
#2: タンパク質 ...
Flagellar P-ring protein / Basal body P-ring protein


分子量: 35702.562 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
参照: UniProt: Q9KQ14
#3: タンパク質 ...
Flagellar protein FlgT


分子量: 39808.223 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
参照: UniProt: Q9KPZ9
#4: タンパク質 ...
Sodium-type flagellar protein MotY


分子量: 31307.084 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
参照: UniProt: Q9KT95
#5: タンパク質・ペプチド ...
Flagellar assembly lipoprotein FlgP / Flagellar biosynthesis protein FlgP


分子量: 1792.062 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
参照: UniProt: A0A2V4N6M7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vibrio cholerae DflhG / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / C2レンズ絞り径: 2.7 µm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C26 (26回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31668 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 28.2 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0023244803
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4906331721
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043737882
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004243706
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.546890831

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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