PDB-9y0k: Structure of Plasmodium falciparum 20S proteasome with bound J80

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9y0k

タイトル

Structure of Plasmodium falciparum 20S proteasome with bound J80

要素

(Proteasome subunit ...) x 13
Proteasome endopeptidase complex

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Proteasome / 20S proteasome / Plasmodium falciparum / proteasome inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Zhang, H. / Zhao, J. / Fajtova, P. / O'Donoghue, A.J.

資金援助

米国, European Union,

チェコ, 12件

組織	認可番号	国
Department of Defense (DOD, United States)	W81XWH2210520	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI158612	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R21 AI146387	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R21 AI133393	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R21 AI171824	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35 GM147487	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10 OD026926	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P30 CA030199	米国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission	846688	European Union
European Union (EU)	LX22NPO5103	European Union
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic	LM2023042	チェコ
European Regional Development Fund	CZ.02.01.01/00/23_015/0008175	European Union

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Plasmodium falciparum 20S proteasome with bound J80.
著者: Zhang, H. / Zhao, J. / Fajtova, P. / O'Donoghue, A.J.

履歴

登録	2025年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9y0k.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9y0k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9y0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9y0k_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9y0k_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9y0k_validation.xml.gz	152.7 KB	表示
CIF形式データ	9y0k_validation.cif.gz	244.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/9y0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/9y0k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	72394MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (21) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (20) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (5) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Proteasome subunit alpha type-6

B: Proteasome subunit alpha type-2

C: Proteasome subunit alpha type-3

D: Proteasome subunit alpha type-4

E: Proteasome subunit alpha type-5

F: Proteasome subunit alpha type-1

G: Proteasome subunit alpha type-3

H: Proteasome endopeptidase complex

I: Proteasome subunit beta-2

J: Proteasome subunit beta-3

K: Proteasome subunit beta-4

L: Proteasome subunit beta

M: Proteasome subunit beta

N: Proteasome subunit beta

O: Proteasome subunit alpha type-6

P: Proteasome subunit alpha type-2

Q: Proteasome subunit alpha type-3

R: Proteasome subunit alpha type-4

S: Proteasome subunit alpha type-5

T: Proteasome subunit alpha type-1

U: Proteasome subunit alpha type-3

V: Proteasome endopeptidase complex

W: Proteasome subunit beta-2

X: Proteasome subunit beta-3

Y: Proteasome subunit beta-4

Z: Proteasome subunit beta

a: Proteasome subunit beta

b: Proteasome subunit beta

ヘテロ分子

772 kDa, 28 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
Proteasome subunit ... , 13種, 26分子 AOBPCQDRESFTGUIWJXKYLZMaNb

#1: タンパク質	Proteasome subunit alpha type-6 分子量: 29531.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_0807500 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IAR3, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質	Proteasome subunit alpha type-2 分子量: 26556.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_0608500 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: C6KST3
#3: タンパク質	Proteasome subunit alpha type-3 分子量: 27977.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1353800 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IDG3
#4: タンパク質	Proteasome subunit alpha type-4 分子量: 27263.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1353900 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IDG2
#5: タンパク質	Proteasome subunit alpha type-5 分子量: 28417.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PFDG_00127 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A0L7LVZ5
#6: タンパク質	Proteasome subunit alpha type-1 分子量: 28871.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1474800 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IK90
#7: タンパク質	Proteasome subunit alpha type-3 分子量: 29324.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_0317000 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O77396, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質	Proteasome subunit beta-2 分子量: 25104.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1328100 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8I6T3
#10: タンパク質	Proteasome subunit beta-3 分子量: 24533.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_0108000 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8I261
#11: タンパク質	Proteasome subunit beta-4 分子量: 22889.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1470900 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IKC9
#12: タンパク質	Proteasome subunit beta 分子量: 23519.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PFTANZ_02851 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A024W8G7
#13: タンパク質	Proteasome subunit beta 分子量: 27301.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: CK202_3362, CYL21_3125 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A2I0BU46
#14: タンパク質	Proteasome subunit beta 分子量: 34822.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PFDG_00103 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 HV

#15: 化合物	ChemComp-A1CRO / N,N-diethyl-N~2~-hexanoyl-D-asparaginyl-N-{(1S)-2-(2,4-difluorophenyl)-1-[(2S,3S,5S,6S)-5-formyl-2-hydroxy-3-(hydroxymethyl)-3,6-dimethylmorpholin-2-yl]ethyl}-4-fluoro-L-phenylalaninamide 分子量: 777.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₅₄F₃N₅O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: タンパク質	Proteasome endopeptidase complex 分子量: 29143.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫) 遺伝子: PFDG_02566 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A0L7M1M6

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: proteasome alpha ring assembly intermediate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL

由来(天然)

生物種:

Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
Cell: Expi293F / 細胞内の位置: cytoplasm

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	50 mM	Tris-HCL		1
2	150 mM	sodium chloride	NaCl	1
3	1 mM	DTT		1
4	1 mM	EDTA		1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: FEI TECNAI 12
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1700 nm
撮影	電子線照射量: 30 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	cryoSPARC	粒子像選択
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 133662 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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