PDB-9xvi: Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1-ISA2 heterotetramer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9xvi

タイトル

Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1-ISA2 heterotetramer

要素

Isoamylase 1, chloroplastic
Isoamylase 2, chloroplastic

キーワード

PLANT PROTEIN / isoamylase / ISA1 / ISA2

機能・相同性

機能・相同性情報

isoamylase complex / chloroplast isoamylase complex / isoamylase / isoamylase activity / amylopectin biosynthetic process / starch biosynthetic process / starch catabolic process / chloroplast
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å

データ登録者

Wang, R.Y. / Lin, H.J. / Fan, M.R.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1-ISA2 heterotetramer
著者: Wang, R.Y. / Lin, H.J. / Fan, M.R.

履歴

登録	2025年11月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9xvi.cif.gz	532.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9xvi.ent.gz	426.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9xvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/9xvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/9xvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	67289MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Isoamylase 1, chloroplastic

C: Isoamylase 2, chloroplastic

B: Isoamylase 1, chloroplastic

D: Isoamylase 2, chloroplastic

370 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Isoamylase 1, chloroplastic / AtISA1 / Protein REDUCED GRAVITROPIC 3 分子量: 87301.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ISA1, RGV3, At2g39930, T28M21.9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O04196, isoamylase
#2: タンパク質	Isoamylase 2, chloroplastic / AtISA2 / Protein DEBRANCHING ENZYME 1 分子量: 97595.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ISA2, DBE1, At1g03310, F15K9.9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8L735
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1-ISA2 heterotetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	cryoSPARC	粒子像選択
2	PHENIX	モデル精密化
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39217 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.65 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	24350
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.557	33026
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.932	3230
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.043	3492
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	4294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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