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万見
- PDB-9xqd: The structure of outer peripheral region in the phage phiKZ basep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9xqd
タイトルThe structure of outer peripheral region in the phage phiKZ baseplate complex
要素
  • PHIKZ026
  • PHIKZ027
  • PHIKZ127
  • PHIKZ130
  • PHIKZ139
  • PHIKZ157
キーワードVIRAL PROTEIN / baseplate / outer peripheral
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Family of unknown function (DUF7193) / Family of unknown function (DUF7941) / : / Family of unknown function (DUF7208)
類似検索 - ドメイン・相同性
PHIKZ157 / PHIKZ139 / PHIKZ130 / PHIKZ127 / PHIKZ027 / PHIKZ026
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.53 Å
データ登録者Xiao, H. / Peng, Z. / Zhou, J. / Liu, H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430020 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural atlas of the intact jumbo phage phiKZ.
著者: Hao Xiao / Zeng Peng / Junquan Zhou / Yuan Chen / Yuning Peng / Yixiong Tang / Tao Li / Wenyuan Chen / Sheng-You Huang / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu /
要旨: Jumbo phage phiKZ, a key model for studying phage nucleus formation and bacterial defense mechanisms, possesses a highly complex tail machine that is essential for infection. Here, we present the ...Jumbo phage phiKZ, a key model for studying phage nucleus formation and bacterial defense mechanisms, possesses a highly complex tail machine that is essential for infection. Here, we present the structural atlas of the intact jumbo phage phiKZ by cryo-EM, thereby identifying 40 constituent proteins and unveiling its modular architecture. The virion, with a length of approximately 360 nm, is comprised of an icosahedral capsid of 2520 polypeptide chains from 11 proteins, and a massive tail machine of over 900 polypeptide chains from 29 proteins. The tail features a unique, multi-layered neck and a highly elaborate baseplate. The neck is reinforced by whisker-like proteins and anchors the contractile tail, which terminates in the baseplate. The baseplate is constituted by a central hub, an inner periphery of interlocking wedge heterotrimers and hexagonal rings, and an outer periphery with a striking hexagonal star configuration. This intricate peripheral region of the baseplate serves as an extended platform for twelve peripheral fibers, which mediate host cell adsorption. Our findings provide a structural framework for understanding jumbo phage assembly and infection, thus contributing to the foundation for future functional studies and rational engineering of these phages for potential therapeutic applications.
履歴
登録2025年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 2.02026年4月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: PHIKZ026
b: PHIKZ026
c: PHIKZ026
d: PHIKZ026
e: PHIKZ026
f: PHIKZ026
G: PHIKZ027
K: PHIKZ027
0: PHIKZ127
L: PHIKZ130
H: PHIKZ130
1: PHIKZ139
2: PHIKZ139
3: PHIKZ139
4: PHIKZ139
5: PHIKZ139
6: PHIKZ139
J: PHIKZ157
P: PHIKZ157
T: PHIKZ157
V: PHIKZ157
N: PHIKZ157
R: PHIKZ157


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,217,04623
ポリマ－1,217,04623
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
タンパク質 , 6種, 23分子 abcdefGK0LH123456JPTVNR

#1: タンパク質
PHIKZ026


分子量: 62047.570 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) / 参照: UniProt: Q8SDD6
#2: タンパク質 PHIKZ027


分子量: 105364.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) / 参照: UniProt: Q8SDD5
#3: タンパク質 PHIKZ127


分子量: 33643.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) / 参照: UniProt: Q8SD35
#4: タンパク質 PHIKZ130


分子量: 48651.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) / 参照: UniProt: Q8SD32
#5: タンパク質
PHIKZ139


分子量: 32691.928 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) / 参照: UniProt: Q8SD23
#6: タンパク質
PHIKZ157


分子量: 51155.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) / 参照: UniProt: Q8SD05

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pseudomonas phage phiKZ / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 131125 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.53 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00473353
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60999776
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7089848
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04510906
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00412997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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