PDB-9xpg: The structure of gp139 protein of phage phikz

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9xpg

タイトル

The structure of gp139 protein of phage phikz

要素

PHIKZ139

キーワード

VIRAL PROTEIN / baseplate / inner peripheral

機能・相同性

: / Family of unknown function (DUF7208) / PHIKZ139

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.14 Å

データ登録者

Xiao, H. / Peng, Z. / Zhou, J. / Liu, H.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	12034006	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32430020	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32200994	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural atlas of the intact jumbo phage phiKZ
著者: Xiao, H. / Peng, Z. / Zhou, J. / Liu, H.

履歴

登録	2025年11月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月11日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月11日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月11日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月11日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月11日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月11日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9xpg.cif.gz	188 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9xpg.ent.gz	152.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9xpg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/9xpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/9xpg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	67097MC 67095C 67096C 67098C 67102C 67111C 67121C 67123C 67124C 67125C 67735C 9xpeC 9xpfC 9xphC 9xpsC 9xqdC 9xqsC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHIKZ139

B: PHIKZ139

C: PHIKZ139

D: PHIKZ139

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	PHIKZ139 分子量: 32691.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) / 参照: UniProt: Q8SD23
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Pseudomonas phage phiKZ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 30 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	cryoSPARC	粒子像選択
2	PHENIX	モデル精密化
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 4.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135070 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 4.14 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	8431
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.683	11475
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.604	1167
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.048	1334
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	1502

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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