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- PDB-9xdd: TamAB in non-hybrid barrel state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9xdd
タイトルTamAB in non-hybrid barrel state
要素
  • Translocation and assembly module subunit TamA
  • Translocation and assembly module subunit TamB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / outer membrane / interaction / non-hybrid / TamAB / PROTEIN TRANSPORT / TamA / TamB / phospholipid transport
機能・相同性
機能・相同性情報


TAM protein secretion complex / protein localization to outer membrane / protein secretion / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Translocation and assembly module TamB / TamB C-terminal domain / TamA, POTRA domain 1 / POTRA domain TamA domain 1 / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Translocation and assembly module subunit TamA / Translocation and assembly module subunit TamB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å
データ登録者Dong, C. / Zhang, Z. / Yang, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural basis of outer membrane biogenesis by the TamAB translocase.
著者: Biao Yang / Ruixin Fan / Mariana Bunoro Batista / Yatian Chen / Xiaofeng Duan / Rong Wang / Danyang Li / Phillip J Stansfeld / Zhengyu Zhang / Changjiang Dong /
要旨: The outer membrane is vital for Gram-negative bacteria, playing crucial roles in colonization, pathogenesis and drug resistance. The translocation and assembly module A and B (TamAB) nanomachinery ...The outer membrane is vital for Gram-negative bacteria, playing crucial roles in colonization, pathogenesis and drug resistance. The translocation and assembly module A and B (TamAB) nanomachinery has been reported to be involved in transport of phospholipids from the inner membrane to the outer membrane, as well as insertion of critical outer membrane proteins. However, the underlying mechanisms remain poorly understood. Here we report cryogenic electron microscopy structures of TamAB in two conformations at resolutions of 3.69 and 3.82 Å. We reveal a hybrid barrel structure formed between the first β-strand of the TamA barrel and the last β-strand of the TamB C-terminal domain, which is folded inside the β-barrel. By integrating structural analysis with functional data, biochemical assays, and molecular dynamics simulations, we identify key residues involved in TamAB interactions and characterize the mechanisms of anterograde phospholipid transport within the continuously beta-helical hydrophobic cavity of TamB. Through disulfide bond crosslinking and functional assays, we reveal that TamA crosslinks with both TamB and Ag43. Additionally, we confirm that the two cryo-EM conformational states of TamAB exist in vivo. While BAM overexpression can compensate for TamAB deletion in Ag43 insertion, it does not rescue phospholipid transport. Given that TamA and TamB orthologs are widely distributed in among bacterial and eukaryotic organisms, our findings have broad implications in cell envelope biogenesis and offer potential avenues for therapeutic development through inhibition.
履歴
登録2025年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 2.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocation and assembly module subunit TamA
B: Translocation and assembly module subunit TamB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,7482
ポリマ－201,7482
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Translocation and assembly module subunit TamA / Autotransporter assembly factor TamA


分子量: 64842.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence of organism Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655star is not available, replaced by P0ADE4 temporarily.
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: tamA, yftM, ytfM, b4220, JW4179 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADE4
#2: タンパク質 Translocation and assembly module subunit TamB / Autotransporter assembly factor TamB / Intermembrane phospholipid transporter TamB / Phospholipid ...Autotransporter assembly factor TamB / Intermembrane phospholipid transporter TamB / Phospholipid transport protein TamB


分子量: 136905.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MSLWKKISLGVVIVILLLLGSVAFLVGTTSGLHLVFKAADRWVPGLDIGKVTGGWRDLTLSDVRYEQPGVAVKAGNLHLA VGLECLWNSSVCINDLALKDIQVNIDSKKMPPSEQVEEEEDSGPLDLSTPYPITLTRVALDNVNIKIDDTTVSVMDFTSG ...詳細: MSLWKKISLGVVIVILLLLGSVAFLVGTTSGLHLVFKAADRWVPGLDIGKVTGGWRDLTLSDVRYEQPGVAVKAGNLHLA VGLECLWNSSVCINDLALKDIQVNIDSKKMPPSEQVEEEEDSGPLDLSTPYPITLTRVALDNVNIKIDDTTVSVMDFTSG LNWQEKTLTLKPTSLKGLLIALPKVAEVAQEEVVEPKIENPQPDEKPLGETLKDLFSRPVLPEMTDVHLPLNLNIEEFKG EQLRVTGDTDITVSTMLLKVSSIDGNTKLDALDIDSSQGIVNASGTAQLSDNWPVDITLNSTLNVEPLKGEKVKLKMGGA LREQLEIGVNLSGPVDMDLRAQTRLAEAGLPLNVEVNSKQLYWPFTGEKQYQADDLKLKLTGKMTDYTLSMRTAVKGQEI PPATITLDAKGNEQQVNLDKLTVAALEGKTELKALLDWQQAISWRGELTLNGINTAKEFPDWPSKLNGLIKTRGSLYGGT WQMDVPELKLTGNVKQNKVNVDGTLKGNSYMQWMIPGLHLELGPNSAEVKGELGVKDLNLDATINAPGLDNALPGLGGTA KGLVKVRGTVEAPQLLADITARGLRWQELSVAQVRVEGDIKSTDQIAGKLDVRVEQISQPDVNINLVTLNAKGSEKQHEL QLRIQGEPVSGQLNLAGSFDRKEERWKGTLSNTRFQTPVGPWSLTRDIALDYRNKEQKISIGPHCWLNPNAELCVPQTID AGAEGRAVVNLNRFDLAMLKPFMPETTQASGIFTGKADVAWDTTKEGLPQGSITLSGRNVQVTQTVNDAALPVAFQTLNL TAELRNNRAELGWTIRLTNNGQFDGQVQVTDPQGRRNLGGNVNIRNFNLAMINPIFTRGEKAAGMVSANLRLGGDVQSPQ LFGQLQVTGVDIDGNFMPFDMQPSQLAVNFNGMRSTLAGTVRTQQGEIYLNGDADWSQIENWRARVTAKGSKVRITVPPM VRMDVSPDVVFEATPNLFTLDGRVDVPWARIVVHDLPESAVGVSSDVVMLNDNLQPEEPKTASIPINSNLIVHVGNNVRI DAFGLKARLTGDLNVVQDKQGLGLNGQINIPEGRFHAYGQDLIVRKGELLFSGPPDQPYLNIEAIRNPDATEDDVIAGVR VTGLADEPKAEIFSDPAMSQQAALSYLLRGQGLESDQSDSAAMTSMLIGLGVAQSGQIVGKIGETFGVSNLALDTQGVGD SSQVVVSGYVLPGLQVKYGVGIFDSIATLTLRYRLMPKLYLEAVSGVDQALDLLYQFEF
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: tamB, ytfN, ytfO, b4221, JW4180 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P39321
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: complex of the translocation and assembly module A and B
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.5.3粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
13cryoSPARC4.5.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110592 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.82 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036601
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5138981
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.431914
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044998
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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