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万見
- PDB-9x80: sheathed filament of the spirochete periplasmic flagella of Lepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9x80
タイトルsheathed filament of the spirochete periplasmic flagella of Leptospira biflexa wild type
要素
  • (Bacterial flagellar sheath protein) x 2
  • Flagellin
キーワードMOTOR PROTEIN / Filament / Flagellar motor
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic flagellum / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
: / : / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellin / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira biflexa (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Kawamoto, A. / Nakamura, S. / Koizumi, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24K02274 日本
Japan Science and TechnologyJPMJPR21E5 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cooperativity of sheath proteins in the flagellar assembly of Leptospira spirochete
著者: Kawamoto, A. / Kuribayashi, T. / Morita, M. / Nakamura, S. / Koizumi, N.
履歴
登録2025年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellin
D: Flagellin
G: Flagellin
J: Flagellin
K: Bacterial flagellar sheath protein
L: Bacterial flagellar sheath protein
M: Flagellin
N: Bacterial flagellar sheath protein
O: Bacterial flagellar sheath protein
P: Flagellin
Q: Bacterial flagellar sheath protein
R: Bacterial flagellar sheath protein
S: Flagellin
V: Flagellin
Y: Flagellin
Z: Bacterial flagellar sheath protein
a: Bacterial flagellar sheath protein
b: Flagellin
c: Bacterial flagellar sheath protein
d: Bacterial flagellar sheath protein
e: Flagellin
f: Bacterial flagellar sheath protein
g: Bacterial flagellar sheath protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)750,22723
ポリマ－750,22723
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Flagellin


分子量: 31415.635 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptospira biflexa (バクテリア) / 参照: UniProt: B0SQZ5
#2: タンパク質
Bacterial flagellar sheath protein


分子量: 35876.797 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptospira biflexa (バクテリア) / 参照: UniProt: B0STJ8
#3: タンパク質
Bacterial flagellar sheath protein


分子量: 31565.652 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptospira biflexa (バクテリア) / 参照: UniProt: B0SR03
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: sheathed filament of the spirochete periplasmic flagella from wild type
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Leptospira biflexa (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 83.81 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2614
詳細: To analyze the asymmetric structure, data were collected under two conditions: with the stage tilted 30 degree, and without tilting
電子光学装置球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7Coot0.9.8.7モデルフィッティング
9PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
10cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.2.1分類
13cryoSPARC4.2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 163413 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 9LRZ

9lrz


Accession code: 9LRZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 97.41 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001448854
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.330565696
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03417150
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00228583
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.966918792

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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