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- PDB-9wzu: Cryo-EM structure of Fks1 in complex with enfumafungin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9wzu
タイトルCryo-EM structure of Fks1 in complex with enfumafungin
要素1,3-beta-glucan synthase component FKS1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / enfumafungin / 1 / 3-beta-glucan synthase component FKS1
機能・相同性
機能・相同性情報


fungal-type cell wall polysaccharide biosynthetic process / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / fungal-type cell wall biogenesis / cellular bud / ascospore wall assembly / actin cortical patch / cellular bud tip ...fungal-type cell wall polysaccharide biosynthetic process / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / fungal-type cell wall biogenesis / cellular bud / ascospore wall assembly / actin cortical patch / cellular bud tip / fungal-type cell wall / cellular bud neck / regulation of cell size / positive regulation of endocytosis / cell periphery / mitochondrion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / 1,3-beta-glucan synthase component FKS1, second domain / Glycosyl transferase, family 48 / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1-like, domain-1 / 1,3-beta-glucan synthase component / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1, domain-1 / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ERGOSTEROL / Chem-POV / 1,3-beta-glucan synthase component FKS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Bai, L. / Wang, L.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171212 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Inhibition mechanism of the fungal β-1,3-glucan synthases by triterpenoid antifungal drugs.
著者: Zi-Long You / Lei Sun / Le-Xuan Wang / Yue-Ran Ni / Rui-Qing Lyu / Dan-Dan Chen / Cai-Hong Yun / Tiefeng Song / Yinggai Song / Lin Bai /
要旨: β-1,3-glucan synthase is the molecular target for triterpenoid and echinocandin antifungal drugs in clinical. It catalyzes the formation of β-1,3-glucan, which is the primary component of the ...β-1,3-glucan synthase is the molecular target for triterpenoid and echinocandin antifungal drugs in clinical. It catalyzes the formation of β-1,3-glucan, which is the primary component of the fungal cell wall. However, the inhibition mechanism of β-1,3-glucan synthase by triterpenoid drugs remains unclear. In this study, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Saccharomyces cerevisiae β-1,3-glucan synthase Fks1 and Fks2 in the apo state, the triterpenoid drug enfumafungin-bound state, and an open state. Structural analysis along with mutagenesis reveals the enfumafungin binding site, and the mechanism of the clinical drug-resistant mutations of the β-1,3-glucan synthases. Remarkably, the enfumafungin attaches on a single transmembrane helix TM5 of the β-1,3-glucan synthases, reorganizes its nearby lipid environment, and stabilizes the enzyme in a specific basal state with intact active site. Moreover, we elucidate that both the basal state and the open state are essential for FKS's glycosyltransferase activity. Our research also shows that Fks2 is highly conserved with Fks1 in terms of structure, activity, and drug inhibition. These findings provide deep insights into the fungal cell wall synthesis, and will facilitate the development of antifungal drugs targeting β-1,3-glucan synthase.
履歴
登録2025年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,3-beta-glucan synthase component FKS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,53913
ポリマ－215,0761
非ポリマー5,46312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 1,3-beta-glucan synthase component FKS1 / 1 / 3-beta-D-glucan-UDP glucosyltransferase / Calcineurin dependent protein 1 / Calcofluor white ...1 / 3-beta-D-glucan-UDP glucosyltransferase / Calcineurin dependent protein 1 / Calcofluor white hypersensitivity protein 53 / Echinocandin target gene protein 1 / FK506 sensitivity protein 1 / Glucan synthase of cerevisiae protein 1 / Papulacandin B resistance protein 1


分子量: 215076.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: FKS1, CND1, CWH53, ETG1, GLS1, GSC1, PBR1, YLR342W, L8300.6
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38631, 1,3-beta-glucan synthase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-ERG / ERGOSTEROL


分子量: 396.648 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44O
#4: 化合物 ChemComp-A1E06 / Enfumafungin


分子量: 708.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H60O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 1,3-beta-glucan synthase component FKS1 with enfumafungin
タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.6.0粒子像選択
13cryoSPARC4.6.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 301005 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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