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万見
- PDB-9wzb: K21E/K22E-ASC CARD filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9wzb
タイトルK21E/K22E-ASC CARD filament
要素Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
キーワードIMMUNE SYSTEM / filament / PYD / CARD
機能・相同性
機能・相同性情報


NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / Pyrin domain binding / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / IkappaB kinase complex / The AIM2 inflammasome ...NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / Pyrin domain binding / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / IkappaB kinase complex / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / macropinocytosis / canonical inflammasome complex / interleukin-6 receptor binding / BMP receptor binding / NLRP3 inflammasome complex / NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of adaptive immune response / cysteine-type endopeptidase activator activity / CLEC7A/inflammasome pathway / negative regulation of interferon-beta production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / osmosensory signaling pathway / positive regulation of activated T cell proliferation / : / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / tropomyosin binding / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of interleukin-10 production / The NLRP3 inflammasome / : / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / pyroptotic inflammatory response / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of T cell migration / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of chemokine production / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / activation of innate immune response / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of phagocytosis / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / : / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of autophagy / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / apoptotic signaling pathway / regulation of protein stability / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein homooligomerization / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of JNK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of T cell activation / positive regulation of tumor necrosis factor production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of inflammatory response / azurophil granule lumen / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / protease binding / secretory granule lumen / defense response to virus / defense response to Gram-negative bacterium / microtubule / transmembrane transporter binding / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein dimerization activity / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / neuronal cell body / apoptotic process / Neutrophil degranulation / nucleolus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / DAPIN domain profile. / DAPIN domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Xue, D. / Ni, F. / Liu, S. / Yan, H. / Luo, Z. / Fu, G. / Wang, Q. / Ma, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Other governmentNational Key Research and Development Program of China (No. 2024YFA1307502) 中国
Other governmentScience and Technology Innovation Plan of Shanghai Science and Technology Commission (No. 23JS1400200) 中国
Other governmentResearch Fund for International Senior Scientists (No. W2431060) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Atomic mechanisms of full-length ASC-mediated inflammasome assembly.
著者: Dongmei Xue / Fengyun Ni / Sheng Liu / Huifang Yan / Zhenwei Luo / Gang Fu / Qinghua Wang / Jianpeng Ma /
要旨: ASC (Apoptosis-associated Speck-like protein containing a CARD) is a key adaptor protein that assembles inflammasomes by linking sensors such as NLRP3 to effectors like Caspase-1 via its PYD and CARD ...ASC (Apoptosis-associated Speck-like protein containing a CARD) is a key adaptor protein that assembles inflammasomes by linking sensors such as NLRP3 to effectors like Caspase-1 via its PYD and CARD Death Domains. Due to ASC's propensity to self-aggregate, most high-resolution structural studies focused on isolated PYD or CARD domains, leaving the atomic basis of full-length ASC assembly unknown. Here we determine atomic-resolution cryo-EM structures of PYD and CARD filaments from full-length ASC, revealing characteristic multitrack bundles composed of alternating ASC and ASC filaments that expose multiple interfaces for flexible assembly and efficient signaling. We further show that Caspase-1 filaments nucleate specifically from the B-end of ASC filaments, and that the interdomain linker modulates bundle formation. The ASC isoform ASCb, with a four-residue linker, adopts a distinct architecture, correlating with reduced Caspase-1 activation efficiency. In ASC THP-1 cells, only wild-type ASC, not interface-disrupting mutants, restored ASC speck formation and Caspase-1 activation, underscoring the requirement for intact multitrack bundles. Cryo-electron tomography captures snapshots of higher-order inflammasome structures. These findings collectively define the structural and functional principles by which ASC organizes inflammasomes to amplify immune signaling.
履歴
登録2025年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
B: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
C: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
D: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
E: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
F: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
G: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
H: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
I: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
J: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
K: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
L: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,82012
ポリマ－259,82012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD / hASC / Caspase recruitment domain-containing protein 5 / PYD and CARD domain-containing protein / ...hASC / Caspase recruitment domain-containing protein 5 / PYD and CARD domain-containing protein / Target of methylation-induced silencing 1


分子量: 21651.648 Da / 分子数: 12 / 変異: K21E,K22E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCARD, ASC, CARD5, TMS1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULZ3
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Filament / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.19.2_4158モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -100.6 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.1 Å / らせん対称軸の対称性: C5
3次元再構成解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1118167 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化最高解像度: 2.67 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038448
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57811472
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.41092
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371272
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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