PDB-9wca: Closed state of A8 gpJ 713 central tail fiber

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9wca

タイトル

Closed state of A8 gpJ 713 central tail fiber

要素

A8 gpJ 713
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

キーワード

VIRAL PROTEIN / Phage Tail

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage Lambda (λファージ)

Escherichia coli O157:H7 str. EDL933 (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å

データ登録者

Deng, T.Y. / Ge, X.F. / Wang, J.W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Closed state of A8 gpJ 713 central tail fiber
著者: Deng, T.Y. / Ge, X.F. / Wang, J.W.

履歴

登録	2025年8月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月28日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9wca.cif.gz	276.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9wca.ent.gz	221.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9wca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/9wca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/9wca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	65858MC 65859C 9wcbC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7)

登録構造単位

J: A8 gpJ 713

j: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

Z: A8 gpJ 713

z: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

F: A8 gpJ 713

f: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

203 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	A8 gpJ 713 分子量: 47315.691 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Rotamase A 分子量: 20453.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 str. EDL933 (大腸菌) 遺伝子: ppiA, Z4724, ECs4214 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFL5, peptidylprolyl isomerase
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Closed state of central tail fiber of bacteriophage lambda A8 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Lambdavirus (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI POLARA 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	PHENIX	1.20.1_4487:	モデル精密化
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 861098 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	11031
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.601	14949
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.982	1476
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.046	1686
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	1974

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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