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- PDB-9wal: Apoferritin (118% Super resolution Nyquist, 236% physical Nyquist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9wal
タイトルApoferritin (118% Super resolution Nyquist, 236% physical Nyquist) by PASR on Acquisition-time Super Resolution K3 data
要素Ferritin heavy chain, N-terminally processed
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Apoferritin / iron binding / PASR
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / Neutrophil degranulation / endocytic vesicle lumen / ferric iron binding / autophagosome ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / Neutrophil degranulation / endocytic vesicle lumen / ferric iron binding / autophagosome / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Burton-Smith, R.N. / Murata, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Post Acquisition Super Resolution for Cryo-Electron Microscopy
著者: Burton-Smith, R.N. / Murata, K.
履歴
登録2025年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
B: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
C: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
D: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
E: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
F: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
G: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
H: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
I: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
J: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
K: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
L: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
M: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
N: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
O: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
P: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Q: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
R: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
S: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
T: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
U: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
V: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
W: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
X: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)487,65130
ポリマ－487,31624
非ポリマー3356
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin heavy chain, N-terminally processed


分子量: 20304.818 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fth1, Fth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09528
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Apoferritin (PASR-on-ASR) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影電子線照射量: 40.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 1.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2910547 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
ELECTRON MICROSCOPYs_bond_nonh_d0.0034349200.0119
ELECTRON MICROSCOPYs_angle_nonh_deg0.8995469921.8512
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_1_deg5.063641525
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_2_deg1.584412485
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_3_deg8.5596928810
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_6_deg10.1616211210
ELECTRON MICROSCOPYs_chiral_restr0.03848960.1358
ELECTRON MICROSCOPYs_planes0.0017498720.02
ELECTRON MICROSCOPYs_nbd0.1793498540.2
ELECTRON MICROSCOPYs_nbtor0.2171565680.2
ELECTRON MICROSCOPYs_hbond_nbd0.136110320.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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