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万見
- PDB-9vyg: Cyanopodophage Pan3 tail complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vyg
タイトルCyanopodophage Pan3 tail complex
要素
  • (Tail spike protein) x 3
  • Adaptor protein
  • Needle protein
  • Stabilization protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Cyanophage / Virus / Tail / Adaptor / Nozzle / Needle / Tailspike
機能・相同性: / : / : / :
機能・相同性情報
生物種Pseudanabaena phage Pan3 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hou, P. / Zhou, C.Z. / Jiang, Y.L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430001 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92451302 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of cyanopodophage Pan3 reveals a modular tail architecture for host recognition.
著者: Pu Hou / Jie Zhu / Rong-Cheng Yu / Feng Yang / Kang Du / Jing Li / Wen-Wen Kong / Jie Wang / Yuxing Chen / Cong-Zhao Zhou / Yong-Liang Jiang /
要旨: Cyanophages, which are bacteriophages that specifically infect host cyanobacteria, also utilize the tail to initiate host recognition and adsorption. Owing to the limited structural information on ...Cyanophages, which are bacteriophages that specifically infect host cyanobacteria, also utilize the tail to initiate host recognition and adsorption. Owing to the limited structural information on cyanophages, our understanding of the mechanism by which cyanophages specifically recognize their hosts remains largely unknown. Here, we determined the intact cryoelectron microscopy structure of a freshwater cyanopodophage Pan3, which consists of an icosahedral shell and a short tail comprising four modular components: the dodecameric adaptor, hexameric nozzle, trimeric needle, and six heterohexameric tailspikes. Notably, each tailspike features an SGNH esterase domain fused to a lectin domain, forming a continuous groove complementary to the host lipopolysaccharide. These findings provide insights into the receptor engagement in Podoviridae, and establish a structural framework for cyanophage and host interactions that may guide future antibacterial interventions against harmful blooms.
履歴
登録2025年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 2.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22026年2月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 2.12026年2月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adaptor protein
B: Adaptor protein
C: Adaptor protein
D: Adaptor protein
E: Adaptor protein
F: Adaptor protein
G: Adaptor protein
H: Adaptor protein
I: Adaptor protein
J: Adaptor protein
K: Adaptor protein
L: Adaptor protein
M: Stabilization protein
N: Stabilization protein
O: Stabilization protein
P: Stabilization protein
Q: Stabilization protein
R: Stabilization protein
S: Needle protein
T: Needle protein
U: Needle protein
m: Tail spike protein
n: Tail spike protein
o: Tail spike protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)594,14724
ポリマ－594,14724
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 24分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUmno

#1: タンパク質
Adaptor protein


分子量: 19930.471 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudanabaena phage Pan3 (ファージ) / 参照: UniProt: A0AA49CMD5
#2: タンパク質
Stabilization protein


分子量: 48753.910 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudanabaena phage Pan3 (ファージ) / 参照: UniProt: A0AA49CMB9
#3: タンパク質 Needle protein


分子量: 7375.228 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudanabaena phage Pan3 (ファージ) / 参照: UniProt: A0AA49CMD6
#4: タンパク質 Tail spike protein


分子量: 13478.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudanabaena phage Pan3 (ファージ) / 参照: UniProt: A0AA49HGR3
#5: タンパク質 Tail spike protein


分子量: 13576.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudanabaena phage Pan3 (ファージ) / 参照: UniProt: A0AA49HGR3
#6: タンパク質 Tail spike protein


分子量: 13276.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudanabaena phage Pan3 (ファージ) / 参照: UniProt: A0AA49HGR3

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pseudanabaena phage Pan3 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudanabaena phage Pan3 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119673 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00342293
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56557529
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9555941
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0426387
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0047628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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