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- PDB-9vx6: Helical structure of gRNA-tDNA SPARDA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vx6
タイトルHelical structure of gRNA-tDNA SPARDA complex
要素
  • DREN-APAZ
  • guide RNA
  • pAGO
  • substrate ssDNA
  • substrate ssRNA
  • target DNA
キーワードCELL INVASION / Cryo-EM / SPARDA / pAgo
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Bacteriophage sp. (ファージ)
Novosphingopyxis baekryungensis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Li, Y. / Zheng, Q. / Li, S. / Jiang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Not funded 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Filament assembly induced by the recognition of target DNA activates the prokaryotic Argonaute SPARDA system.
著者: Wanyue Zhang / Yuchen Jiang / Yu Li / Xiangkai Zhen / Shuying Xu / Ning-Shao Xia / Shaowei Li / Xurong Wang / Qingbing Zheng / Songying Ouyang /
要旨: The short prokaryotic Argonaute (pAgo) proteins, in conjunction with their associated effector molecules, constitute a defence mechanism in prokaryotes that protects against phage infections. The ...The short prokaryotic Argonaute (pAgo) proteins, in conjunction with their associated effector molecules, constitute a defence mechanism in prokaryotes that protects against phage infections. The SPARDA is characterized by its collateral nuclease activity, which, upon activation through target DNA recognition, non-specifically cleaves a wide range of nucleic acid substrates. Nevertheless, the structural underpinnings of its collateral activity have remained elusive. In this study, we investigate the NbaSPARDA system from Novosphingopyxis baekryungensis and reveal that RNA-guided DNA recognition triggers the assembly of a higher-order filamentous structure. This filamentation is essential for the tetramerization of the DREN nuclease domain, which in turn facilitates the accumulation and cleavage of substrate nucleic acids. Through the determination of the gRNA-bound and RNA-DNA duplex-bound cryo-EM structures, we delineate a sequential monomer-dimer-monomer-filament transition during SPARDA activation. These insights collectively elucidate a filament-dependent activation mechanism underpinning the short pAgo-mediated immune response, which is crucial for antiviral defence.
履歴
登録2025年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.12026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: target DNA
R: guide RNA
S: pAGO
T: DREN-APAZ
E: target DNA
F: guide RNA
I: target DNA
J: guide RNA
Q: target DNA
M: substrate ssDNA
N: substrate ssRNA
O: pAGO
P: DREN-APAZ
V: guide RNA
W: pAGO
Y: DREN-APAZ
U: pAGO
X: DREN-APAZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)476,60418
ポリマ－476,60418
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 2種, 5分子 LEIQM

#1: DNA鎖
target DNA


分子量: 6139.976 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage sp. (ファージ) / 発現宿主: Bacteriophage sp. (ファージ)
#5: DNA鎖 substrate ssDNA


分子量: 3364.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage sp. (ファージ) / 発現宿主: Bacteriophage sp. (ファージ)

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RNA鎖 , 2種, 5分子 RFJVN

#2: RNA鎖
guide RNA


分子量: 6390.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingopyxis baekryungensis (バクテリア)
発現宿主: Novosphingopyxis baekryungensis (バクテリア)
#6: RNA鎖 substrate ssRNA


分子量: 3466.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingopyxis baekryungensis (バクテリア)
発現宿主: Novosphingopyxis baekryungensis (バクテリア)

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タンパク質 , 2種, 8分子 SOWUTPYX

#3: タンパク質
pAGO


分子量: 54492.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingopyxis baekryungensis (バクテリア)
発現宿主: Novosphingopyxis baekryungensis (バクテリア)
#4: タンパク質
DREN-APAZ


分子量: 50419.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingopyxis baekryungensis (バクテリア)
発現宿主: Bacteria Latreille et al. 1825 (昆虫)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: gRNA-tDNA SPARDA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Novosphingopyxis baekryungensis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Bacteria Latreille et al. 1825 (昆虫)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.13_2998:モデル精密化
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 80 ° / 軸方向距離/サブユニット: 130 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57938 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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