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- PDB-9vtp: Target DNA-bound type I-F3 TniQ-Cascade of Vibrio parahaemolyticu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vtp
タイトルTarget DNA-bound type I-F3 TniQ-Cascade of Vibrio parahaemolyticus in partial R-loop state
要素
  • (CRISPR-associated ...) x 2
  • Non-target strand DNA from Vibrio alginolyticus strain K08M3 plasmid pL300
  • Target strand DNA from Vibrio alginolyticus K08M03 plasmid pL300
  • TniQ
  • Type I-F CRISPR-associated protein Csy3
  • crRNA from Vibrio parahaemolyticus
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CRISPR-associated transposon
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
TniQ / TniQ / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated protein, Csy4 family / Type I-F CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein Csy2 / TniQ domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Ishihara, K. / Numata, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02916 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24H00505 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23KJ1734 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Sequential structural rearrangements at the PAM-distal site of a type I-F3 CRISPR-Cas effector enabling RNA-guided DNA transposition.
著者: Kazuki Ishihara / Shunsuke Matsumoto / Christoph Gerle / Chai C Gopalasingam / Hideki Shigematsu / Tsuyoshi Shirai / Tomoyuki Numata /
要旨: Some prokaryotes carry CRISPR-associated transposons (CASTs), Tn7-like elements that incorporate genes encoding CRISPR-Cas effectors. CAST insertion is directed by CRISPR-Cas effectors through RNA- ...Some prokaryotes carry CRISPR-associated transposons (CASTs), Tn7-like elements that incorporate genes encoding CRISPR-Cas effectors. CAST insertion is directed by CRISPR-Cas effectors through RNA-guided DNA binding and interactions with transposition-associated proteins. Although efficient sequence-specific DNA integration requires both precise target DNA recognition and coordinated interactions between effectors and transposition-associated proteins, the underlying mechanism remains elusive. Here, we determined three cryo-EM structures of target DNA-bound type I-F3 TniQ-Cascade from Vibrio parahaemolyticus, revealing how Cas8/5 recognizes the protospacer adjacent motif (PAM) and identifying a key residue responsible for the cytidine preference at position -2 of the PAM. We revealed mismatch tolerance at the PAM-proximal site. Structural analyses showed that correct base pairing at the PAM-distal site correlates with conformational changes in the Cas8/5 helical bundle and TniQ, bending the DNA to guide its downstream region toward the transposition machinery. Together, these dynamic rearrangements at the PAM-distal region provide insights into the licensing mechanism of type I-F3 CAST transposition and highlight its potential for genome engineering applications.
履歴
登録2025年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: crRNA from Vibrio parahaemolyticus
2: Target strand DNA from Vibrio alginolyticus K08M03 plasmid pL300
3: Non-target strand DNA from Vibrio alginolyticus strain K08M3 plasmid pL300
A: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3
B: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3
C: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3
D: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3
E: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3
F: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3
G: CRISPR-associated protein Csy2
H: CRISPR-associated protein, Csy4 family
I: TniQ
J: TniQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)491,15714
ポリマ－491,13213
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 23

#2: DNA鎖 Target strand DNA from Vibrio alginolyticus K08M03 plasmid pL300


分子量: 23027.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 参照: GenBank: 1190167432
#3: DNA鎖 Non-target strand DNA from Vibrio alginolyticus strain K08M3 plasmid pL300


分子量: 23224.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 参照: GenBank: 1190167432

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFIJ

#4: タンパク質
Type I-F CRISPR-associated protein Csy3


分子量: 39455.414 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
遺伝子: VPA1389 / プラスミド: pMAL-c2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q87GC8
#7: タンパク質 TniQ


分子量: 47357.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
遺伝子: VPA1387 / プラスミド: pMAL-c2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q87GD0

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CRISPR-associated ... , 2種, 2分子 GH

#5: タンパク質 CRISPR-associated protein Csy2


分子量: 71108.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain g corresponds to an unassignable region of the Cas8/5 helical bundle in chain G (residues 326-389).
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
遺伝子: VPA1388 / プラスミド: pMAL-c2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q87GC9
#6: タンパク質 CRISPR-associated protein, Csy4 family


分子量: 22919.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
遺伝子: VPA1390 / プラスミド: pMAL-c2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q87GC7

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 1

#1: RNA鎖 crRNA from Vibrio parahaemolyticus


分子量: 19405.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold CodonPlus RIL / 参照: GenBank: BA000032.2
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vibrio parahaemolyticus type I-F3 TniQ-Cascade / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4, #6-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.494 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: Gold CodonPlus RIL / プラスミド: pACYCDuet-1, pMAL-c2
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2100 mMNaCl1
31 mMDTT1
45 mMMgCl21
50.001 %LMNG1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50.31 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
実像数: 4906
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter

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解析

EMソフトウェア
ID名称
1cryoSPARC
2SerialEM
3cryoSPARC
4UCSF
5CHIMERAX
6cryoSPARC
7cryoSPARC
8RELION
9cryoSPARC
10PHENIX
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.68 Å / 粒子像の数: 31509 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDSource nameタイプ
11SwissModelin silico model
21AlphaFoldin silico model
精密化最高解像度: 2.68 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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