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万見
- PDB-9vku: protein structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vku
タイトルCryo-EM structure of DRT9 tetramer complex
要素
  • RNA (188-MER)
  • RNA-dependent DNA polymerase
キーワードANTIVIRAL PROTEIN/RNA / a protein complex / ANTIVIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性: / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA-dependent DNA polymerase
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Zhang, H. / Zhang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government 中国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Non-coding RNA mediates the defense-associated reverse transcriptase (DRT) anti-phage oligomerization transition.
著者: Jie Han / Bin Liu / Jingjing Tang / Shuqin Zhang / Xiaoshen Wang / Xuzichao Li / Qian Zhang / Zhikun Liu / Wanyao Wang / Yingcan Liu / Ruimin Zhou / Hang Yin / Yong Wei / Zhuang Li / Minjie ...著者: Jie Han / Bin Liu / Jingjing Tang / Shuqin Zhang / Xiaoshen Wang / Xuzichao Li / Qian Zhang / Zhikun Liu / Wanyao Wang / Yingcan Liu / Ruimin Zhou / Hang Yin / Yong Wei / Zhuang Li / Minjie Zhang / Zengqin Deng / Heng Zhang /
要旨: Defense-associated reverse transcriptase (DRT) systems are implicated in prokaryotic resistance to viral infections, yet the molecular mechanisms underlying their functionality remain largely unknown. ...Defense-associated reverse transcriptase (DRT) systems are implicated in prokaryotic resistance to viral infections, yet the molecular mechanisms underlying their functionality remain largely unknown. Here, we characterize a two-component DRT9 system, composed of a reverse transcriptase (RT) and a non-coding RNA (ncRNA), which exhibits a protein-primed DNA synthesis activity upon phage infection. We also determine its cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures in different functional states. DRT9 RT binds to ncRNA, forming a dimer of dimers configuration that assembles into a trimer of dimers upon substrate binding. This oligomerization transition, crucial for DRT9-mediated anti-phage defense, is facilitated by a ncRNA cooperative self-assembly manner. Furthermore, substrate binding induces large conformational movements around the catalytic pocket of DRT9 RT, revealing a "lock-switch" mechanism for enzymatic activation. Notably, phylogenetic analysis and functional assays identify a unique N-terminal helix extension required for ncRNA stabilization and enzymatic activity, distinct from previously reported reverse transcriptase systems. Overall, our findings illuminate the molecular basis of DRT9-mediated antiviral defense and expand the functional and mechanistic diversity of the DRT family.
履歴
登録2025年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月3日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _em_admin.title / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent DNA polymerase
B: RNA-dependent DNA polymerase
C: RNA-dependent DNA polymerase
D: RNA-dependent DNA polymerase
E: RNA (188-MER)
F: RNA (188-MER)
G: RNA (188-MER)
H: RNA (188-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,89215
ポリマ－474,7218
非ポリマー1707
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
RNA-dependent DNA polymerase


分子量: 58318.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GQA06_05700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6D0I497
#2: RNA鎖
RNA (188-MER)


分子量: 60361.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: a protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 210060 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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