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万見
- PDB-9vel: The composite cryo-EM structure of bacteriophage SPO1 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vel
タイトルThe composite cryo-EM structure of bacteriophage SPO1 capsid
要素
  • Gp2.7
  • Gp29.2
  • Gp36.3
  • Gp6.1
キーワードVIRUS / SPO1 / Phage / Capsid
機能・相同性Protein of unknown function DUF5309 / SU10 major capsid protein / membrane / Gp36.3 / Gp29.2 / Gp2.7 / Gp6.1
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage SPO1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhao, X. / Wang, A. / Wang, Y. / Kang, Y. / Shao, Q. / Li, L. / Zheng, Y. / Hu, H. / Li, X. / Fan, H. ...Zhao, X. / Wang, A. / Wang, Y. / Kang, Y. / Shao, Q. / Li, L. / Zheng, Y. / Hu, H. / Li, X. / Fan, H. / Cai, C. / Liu, B. / Fang, Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Capsid structure of phage SPO1 reveals novel minor capsid proteins and insights into capsid stabilization.
著者: Xinyue Zhao / Aohan Wang / Yueting Wang / Yue Kang / Qianqian Shao / Lin Li / Yaqi Zheng / Hongli Hu / Xiangyun Li / Hongling Fan / Can Cai / Bing Liu / Qianglin Fang /
要旨: SPO1-related bacteriophages are promising candidates for phage therapy. We present the 3.0 Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the SPO1 capsid with a triangulation number T = 16, ...SPO1-related bacteriophages are promising candidates for phage therapy. We present the 3.0 Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the SPO1 capsid with a triangulation number T = 16, enabling the construction of an atomic model comprising the major capsid protein and three types of minor capsid proteins: gp29.2, gp2.7, and gp36.3. These minor capsid proteins adopt novel folds. They might stabilize the capsid and determine its curvature. Gp29.2 monomers contain a three-blade propeller fold and are located at the 3-fold and quasi-three-fold axes. Gp2.7 forms pentamers atop pentameric capsomers, while gp36.3 binds to the capsid's inner surface, forming star-shaped structures increasing connections between pentameric and hexameric capsomers. The surface exposed regions of gp29.2 and gp2.7 make SPO1 of interest as a nanocage for phage display. Our findings advance the understanding of capsid architecture, stabilization, and local curvature determination for SPO1-related bacteriophages.
履歴
登録2025年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Gp6.1
F: Gp6.1
G: Gp6.1
D: Gp6.1
I: Gp6.1
J: Gp6.1
O: Gp6.1
N: Gp6.1
M: Gp6.1
H: Gp6.1
K: Gp6.1
L: Gp6.1
B: Gp6.1
r: Gp29.2
q: Gp29.2
s: Gp29.2
E: Gp6.1
P: Gp6.1
A: Gp6.1
t: Gp2.7
v: Gp29.2
w: Gp36.3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)919,66622
ポリマ－919,66622
非ポリマー00
水00
1
C: Gp6.1
F: Gp6.1
G: Gp6.1
D: Gp6.1
I: Gp6.1
J: Gp6.1
O: Gp6.1
N: Gp6.1
M: Gp6.1
H: Gp6.1
K: Gp6.1
L: Gp6.1
B: Gp6.1
r: Gp29.2
q: Gp29.2
s: Gp29.2
E: Gp6.1
P: Gp6.1
A: Gp6.1
t: Gp2.7
v: Gp29.2
w: Gp36.3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,179,9371320
ポリマ－55,179,9371320
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Gp6.1
F: Gp6.1
G: Gp6.1
D: Gp6.1
I: Gp6.1
J: Gp6.1
O: Gp6.1
N: Gp6.1
M: Gp6.1
H: Gp6.1
K: Gp6.1
L: Gp6.1
B: Gp6.1
r: Gp29.2
q: Gp29.2
s: Gp29.2
E: Gp6.1
P: Gp6.1
A: Gp6.1
t: Gp2.7
v: Gp29.2
w: Gp36.3
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 4.6 MDa, 110 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,598,328110
ポリマ－4,598,328110
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
C: Gp6.1
F: Gp6.1
G: Gp6.1
D: Gp6.1
I: Gp6.1
J: Gp6.1
O: Gp6.1
N: Gp6.1
M: Gp6.1
H: Gp6.1
K: Gp6.1
L: Gp6.1
B: Gp6.1
r: Gp29.2
q: Gp29.2
s: Gp29.2
E: Gp6.1
P: Gp6.1
A: Gp6.1
t: Gp2.7
v: Gp29.2
w: Gp36.3
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 5.52 MDa, 132 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,517,994132
ポリマ－5,517,994132
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Gp6.1


分子量: 51445.043 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus phage SPO1 (ファージ) / 参照: UniProt: B6V2N7
#2: タンパク質
Gp29.2


分子量: 19837.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus phage SPO1 (ファージ) / 参照: UniProt: B6V2J1
#3: タンパク質 Gp2.7


分子量: 6380.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus phage SPO1 (ファージ) / 参照: UniProt: B6V2M7
#4: タンパク質 Gp36.3


分子量: 10812.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus phage SPO1 (ファージ) / 参照: UniProt: B6V2H5
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Bacillus phage SPO1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPO1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
ウイルス殻直径: 1050 nm
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 26.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
10RELION4初期オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 626340 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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