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- PDB-9vdc: Cryo-EM structure of the aspartate:alanine antiporter AspT WT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vdc
タイトルCryo-EM structure of the aspartate:alanine antiporter AspT WT
要素Aspartate/alanine antiporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / amino acid / antiporter / elevator mechanism
機能・相同性YidE/YbjL duplication / Aspartate-alanine antiporter / Predicted Permease Membrane Region / : / antiporter activity / identical protein binding / plasma membrane / ASPARTIC ACID / Aspartate/alanine antiporter
機能・相同性情報
生物種Tetragenococcus halophilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nanatani, K. / Kanno, R. / Kawabata, T. / Watanabe, S. / Hidaka, M. / Yamanaka, T. / Toda, K. / Fujiki, T. / Kunii, K. / Miyamoto, A. ...Nanatani, K. / Kanno, R. / Kawabata, T. / Watanabe, S. / Hidaka, M. / Yamanaka, T. / Toda, K. / Fujiki, T. / Kunii, K. / Miyamoto, A. / Chiba, F. / Ogasawara, S. / Murata, T. / Humbel, B.M. / Inaba, K. / Mitsuoka, K. / Guan, L. / Abe, K. / Yamamoto, M. / Koshiba, S.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K07653 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K05779 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K05004 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121019 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121038 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure and molecular mechanism of the aspartate:alanine antiporter AspT from Tetragenococcus halophilus
著者: Nanatani, K. / Kanno, R. / Kawabata, T. / Watanabe, S. / Hidaka, M. / Yamanaka, T. / Toda, K. / Fujiki, T. / Kunii, K. / Miyamoto, A. / Chiba, F. / Ogasawara, S. / Murata, T. / Humbel, B.M. / ...著者: Nanatani, K. / Kanno, R. / Kawabata, T. / Watanabe, S. / Hidaka, M. / Yamanaka, T. / Toda, K. / Fujiki, T. / Kunii, K. / Miyamoto, A. / Chiba, F. / Ogasawara, S. / Murata, T. / Humbel, B.M. / Inaba, K. / Mitsuoka, K. / Guan, L. / Abe, K. / Yamamoto, M. / Koshiba, S.
履歴
登録2025年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate/alanine antiporter
B: Aspartate/alanine antiporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4344
ポリマ－116,1682
非ポリマー2662
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Aspartate/alanine antiporter


分子量: 58084.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The purification His-tag (Hisx6) is inserted at L331 and K332; however, this His-tag is not visible in the current map and is therefore not included in the model.
由来: (組換発現) Tetragenococcus halophilus (バクテリア)
株: D10 / 遺伝子: aspT / プラスミド: pTrc99a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q8L3K8
#2: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: aspartate:alanine antiporter AspT / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.058 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetragenococcus halophilus (バクテリア) / 株: D10
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C43(DE3) / プラスミド: pTrc99a
緩衝液pH: 6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acidC6H13NO4S1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
30.003 %Lauryl maltose neopentyl glycolC47H88O221
4100 mML-aspartic acidC4H7NO41
試料濃度: 2.83 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 30.6 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 12357

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2PHENIX1.21.1_5286:モデル精密化
5RELIONCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1636712
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125465 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038241
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46111191
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2481153
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381389
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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