[日本語] English
万見
- PDB-9uov: PSI-8 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9uov
タイトルPSI-8 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
要素
  • (Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein ...) x 8
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • Photosystem I iron-sulfur center (psaC)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem I / chlorophyll / light-harvesting complex / biogenesis / assembly / LHCI / FCPI / coccolithophore / haptophyte
機能・相同性
機能・相同性情報


Chem-A86 / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE ...Chem-A86 / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD
類似検索 - 構成要素
生物種Chrysotila roscoffensis (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者La Rocca, R. / Tsai, P.-C. / Kato, K. / Nakajima, Y. / Akita, F. / Shen, J.-R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2026
タイトル: Multiple structures of photosystem I-FCPI supercomplexes from a coccolithophore alga reveal a modular antenna organization.
著者: Romain La Rocca / Pi-Cheng Tsai / Koji Kato / Yoshiki Nakajima / Fusamichi Akita / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosystem I (PSI) converts light energy into chemical energy in photosynthesis, and forms supercomplexes with light-harvesting complexes (LHCI) in eukaryotes to enhance energy capture and transfer. ...Photosystem I (PSI) converts light energy into chemical energy in photosynthesis, and forms supercomplexes with light-harvesting complexes (LHCI) in eukaryotes to enhance energy capture and transfer. Various numbers and organizations of both PSI core and LHCI subunits are observed in various organisms. A subgroup of haptophytes named coccolithophores play a major role in marine carbon cycle and CaCO production, and the light-harvesting antennas of them are named FCPs (fucoxanthin-chlorophyll a/c binding protein) because they bind chlorophyll c and fucoxanthin in addition to chlorophyll a. A structure of a large PSI-FCPI supercomplex containing 38 FCPI subunits has been reported from a coccolithophore Emiliania huxleyi recently (L. Shen et al., Science 389, eadv2132, 2025). Here we solved five cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of PSI-FCPI supercomplexes isolated from another coccolithophore Chrysotila roscoffensis with different detergents at resolutions ranging from 2.3 to 1.7 Å. These structures represent discrete PSI-FCPIs containing 1, 4, 6, 8 and 9 FCPI subunits, with FCPIs arranged in a modular fashion. Association of each FCPI module to the PSI core, as well as the arrangement of protein subunits and pigments, are revealed. Contributions of individual antenna modules to excitation energy transfer were calculated and compared with PSI-FCPI supercomplexes from other species of coccolithophores and haptophytes. These results pinpoint the assembly of stable PSI-FCPI supercomplexes in C. roscoffensis and provide insights into how antenna modules contribute to energy transfer in coccolithophores.
履歴
登録2025年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 (psaA)
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 (psaB)
C: Photosystem I iron-sulfur center (psaC)
D: Photosystem I reaction center subunit II (psaD)
E: Photosystem I reaction center subunit IV (psaE)
F: Photosystem I reaction center subunit III (psaF)
I: Photosystem I reaction center subunit VIII (psaI)
J: Photosystem I reaction center subunit IX (psaJ)
L: Photosystem I reaction center subunit XI (psaL)
M: Photosystem I reaction center subunit XII (psaM)
O: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein III (FCPI-3)
P: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein VI (FCPI-6)
Q: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein IV (FCPI-4)
R: Photosystem I reaction center subunit psaR
S: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPI-2)
U: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein I (FCPI-1)
G: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein VII (FCPI-7)
H: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein VIII (FCPI-8)
T: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein V (FCPI-5)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)624,920269
ポリマ－425,72519
非ポリマー199,194250
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 (psaA)


分子量: 83368.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 (psaB)


分子量: 82002.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFIJLMR

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II (psaD)


分子量: 15936.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV (psaE)


分子量: 7342.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III (psaF)


分子量: 20163.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII (psaI)


分子量: 3900.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX (psaJ)


分子量: 4340.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI (psaL)


分子量: 15045.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII (psaM)


分子量: 3082.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#14: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit psaR


分子量: 9637.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)

-
Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein ... , 8種, 8分子 OPQSUGHT

#11: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein III (FCPI-3)


分子量: 21458.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#12: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein VI (FCPI-6)


分子量: 24382.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#13: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein IV (FCPI-4)


分子量: 21064.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#15: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPI-2)


分子量: 22708.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#16: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein I (FCPI-1)


分子量: 20547.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#17: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein VII (FCPI-7)


分子量: 22153.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#18: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein VIII (FCPI-8)


分子量: 18375.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#19: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein V (FCPI-5)


分子量: 21379.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#27: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center (psaC)


分子量: 8836.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)

-
非ポリマー , 12種, 478分子

#20: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物...
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Photosystem I (PSI) with 8 fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein I (FCPI) supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
タイプ: COMPLEX / 詳細: PSI-8 FCPI supercomplex. / Entity ID: #8 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acidMES1
250 mMsodium chlorideNaCl1
31 mM[6-[3,4-dihydroxy-2,5-bis(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3,4,5-trihydroxyoxan-2-yl]methyl dodecanoateEDTA1
40.05 %sucrose monolaurateSML1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17450 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 12 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る