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万見
- PDB-9umb: Structure of Modified adeno-associated viral vector, AAV5-BCD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9umb
タイトルStructure of Modified adeno-associated viral vector, AAV5-BCD
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / adeno-associated virus / AAV5
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種adeno-associated virus 5 (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zhang, H. / Burtseva, A.D. / Strelkova, A.N. / Perepelkina, M.P. / Iurlova, E.V. / Gershovich, P.M. / Prokof'ev, A.V. / Kolesnichenko, A.S. / Gulnova, A.R. / Nurtdinov, R.F. ...Zhang, H. / Burtseva, A.D. / Strelkova, A.N. / Perepelkina, M.P. / Iurlova, E.V. / Gershovich, P.M. / Prokof'ev, A.V. / Kolesnichenko, A.S. / Gulnova, A.R. / Nurtdinov, R.F. / Vasilev, A.A. / Yakovlev, P.A. / Popov, V.O. / Boyko, K.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Modified adeno-associated viral vector, AAV5-BCD
著者: Zhang, H. / Burtseva, A. / Boyko, K.
履歴
登録2025年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: Capsid protein
F: Capsid protein
G: Capsid protein
H: Capsid protein
I: Capsid protein
J: Capsid protein
K: Capsid protein
L: Capsid protein
M: Capsid protein
N: Capsid protein
O: Capsid protein
P: Capsid protein
Q: Capsid protein
R: Capsid protein
S: Capsid protein
T: Capsid protein
U: Capsid protein
V: Capsid protein
W: Capsid protein
X: Capsid protein
Y: Capsid protein
Z: Capsid protein
a: Capsid protein
b: Capsid protein
c: Capsid protein
d: Capsid protein
e: Capsid protein
f: Capsid protein
g: Capsid protein
h: Capsid protein
i: Capsid protein
j: Capsid protein
k: Capsid protein
l: Capsid protein
m: Capsid protein
n: Capsid protein
o: Capsid protein
p: Capsid protein
q: Capsid protein
r: Capsid protein
s: Capsid protein
t: Capsid protein
u: Capsid protein
v: Capsid protein
w: Capsid protein
x: Capsid protein
y: Capsid protein
z: Capsid protein
1: Capsid protein
2: Capsid protein
3: Capsid protein
4: Capsid protein
5: Capsid protein
6: Capsid protein
7: Capsid protein
8: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,828,04360
ポリマ－4,828,04360
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein


分子量: 80467.391 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) adeno-associated virus 5 (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: cap, VP1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9YIJ1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: adeno-associated virus 5 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: adeno-associated virus 5 (アデノ随伴ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 8.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0430 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 285362 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.55→2.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.58 / SU B: 8.713 / SU ML: 0.172 / ESU R: 0.3
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.39877 --
obs0.39877 3716324 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 24.215 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 246600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0090.012254280
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.016223920
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg2.2661.798347460
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.8141.737514920
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.158530900
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg24.93851440
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg24.5911037200
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1080.236060
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.02311700
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.0265460
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.9262.238123780
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.9262.238123780
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it5.0984.057154620
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other5.0984.057154621
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it4.252.558130500
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other4.252.558130501
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other7.2524.495192841
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined11.67626.94934203
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other11.67626.94934204
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork3.716 275340 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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