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- PDB-9ukv: JM Complex - E. coli MurJ, Levivirus M lysis protein LysM (SglM) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ukv
タイトルJM Complex - E. coli MurJ, Levivirus M lysis protein LysM (SglM)
要素
  • Lipid II flippase MurJ
  • Lysis protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Phage / Lysis protein / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolipid translocation / viral release via suppression of host peptidoglycan biosynthetic process / lipid-linked peptidoglycan transport / lipid-linked peptidoglycan transporter activity / division septum / lipid translocation / cardiolipin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ / : / Lipid II flippase MurJ
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysis protein / Lipid II flippase MurJ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Enterobacteria phage M (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Kohga, H. / Lertpreedakorn, N. / Tsukazaki, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Phage lysis protein Lys acts as a wedge to block MurJ conformational changes.
著者: Hidetaka Kohga / Napathip Lertpreedakorn / Ryoji Miyazaki / Sixian Wu / Kaito Hosoda / Hiroyuki Tanaka / Yutaro S Takahashi / Kunihito Yoshikaie / Yutetsu Kuruma / Hideki Shigematsu / ...著者: Hidetaka Kohga / Napathip Lertpreedakorn / Ryoji Miyazaki / Sixian Wu / Kaito Hosoda / Hiroyuki Tanaka / Yutaro S Takahashi / Kunihito Yoshikaie / Yutetsu Kuruma / Hideki Shigematsu / Takaharu Mori / Tomoya Tsukazaki /
要旨: Many antibiotics target essential cellular processes. To combat multidrug-resistant bacteria, new antibacterial strategies are needed. In the peptidoglycan biogenesis pathway in , MurJ, the lipid II ...Many antibiotics target essential cellular processes. To combat multidrug-resistant bacteria, new antibacterial strategies are needed. In the peptidoglycan biogenesis pathway in , MurJ, the lipid II flippase, is an essential membrane protein. The 37-residue protein M from the phage, known as Lys or Sgl, targets MurJ and induces cell lysis; however, its molecular mechanism remains unclear. Here, we present the cryo-EM structure of the MurJ/Lys (JM) complex at 3.09-angstrom resolution, revealing that Lys interacts with the crevasse between TM2 and TM7 of MurJ, locking MurJ in an outward-facing conformation, with Lys acting like a wedge. Alanine-scanning mutagenesis and pull-down assays revealed key residues responsible for Lys function, and molecular dynamics simulations showed that Lys stabilizes MurJ's outward-facing state. These findings demonstrate an unprecedented phage-derived mechanism for blocking lipid II transport, providing a structural framework for designing MurJ-targeted antimicrobial agents.
履歴
登録2025年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid II flippase MurJ
B: Lysis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6362
ポリマ－63,6362
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Lipid II flippase MurJ / Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ


分子量: 58100.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: murJ, mviN, yceN, b1069, JW1056 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AF16
#2: タンパク質・ペプチド Lysis protein


分子量: 5535.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage M (ファージ)
遺伝子: lys / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7QK87
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: JM Complex - E. coli MurJ, Levivirus M lysis protein LysM (SglM)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 371016 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 156.12 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00254287
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68595834
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0384707
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042707
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.767583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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