PDB-9ukv: JM Complex - E. coli MurJ, Levivirus M lysis protein LysM (SglM)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ukv

タイトル

JM Complex - E. coli MurJ, Levivirus M lysis protein LysM (SglM)

要素

Lipid II flippase MurJ
Lysis protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Phage / Lysis protein / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glycolipid translocation / lipid-linked peptidoglycan transport / viral release via suppression of host peptidoglycan biosynthetic process / lipid-linked peptidoglycan transporter activity / division septum / lipid translocation / cardiolipin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Enterobacteria phage M (ファージ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Kohga, H. / Lertpreedakorn, N. / Tsukazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: JM Complex - E. coli MurJ, Levivirus M lysis protein LysM (SglM)
著者: Kohga, H. / Lertpreedakorn, N. / Tsukazaki, T.

履歴

登録	2025年4月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ukv.cif.gz	122.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ukv.ent.gz	77.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ukv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ukv_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ukv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9ukv_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	9ukv_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/9ukv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/9ukv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	64256MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipid II flippase MurJ

B: Lysis protein

63.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Lipid II flippase MurJ / Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ 分子量: 58100.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: murJ, mviN, yceN, b1069, JW1056 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AF16
#2: タンパク質・ペプチド	Lysis protein 分子量: 5535.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage M (ファージ) 遺伝子: lys / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7QK87
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: JM Complex - E. coli MurJ, Levivirus M lysis protein LysM (SglM) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 371016 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 156.12 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0025	4287
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.6859	5834
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0384	707
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0042	707
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.767	583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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