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万見
- PDB-9u9i: M4-CTD-undocked AP-4 core in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9u9i
タイトルM4-CTD-undocked AP-4 core in apo form
要素
  • AP-4 complex subunit beta-1
  • AP-4 complex subunit epsilon-1
  • AP-4 complex subunit mu-1
  • AP-4 complex subunit sigma-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / adaptor protein complex / cargo transportation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to somatodendritic compartment / cytoplasmic side of trans-Golgi network transport vesicle membrane / AP-4 adaptor complex / protein localization to basolateral plasma membrane / cargo adaptor activity / clathrin adaptor complex / post-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to lysosome transport / Golgi to endosome transport / protein targeting to lysosome ...protein localization to somatodendritic compartment / cytoplasmic side of trans-Golgi network transport vesicle membrane / AP-4 adaptor complex / protein localization to basolateral plasma membrane / cargo adaptor activity / clathrin adaptor complex / post-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to lysosome transport / Golgi to endosome transport / protein targeting to lysosome / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / transmembrane protein transporter activity / autophagosome assembly / protein targeting / vesicle-mediated transport / endosome lumen / trans-Golgi network membrane / trans-Golgi network / intracellular protein transport / intracellular protein localization / protein transport / cytoplasmic vesicle / early endosome / protein domain specific binding / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein complex AP-4, epsilon subunit / AP-4 complex subunit epsilon-1, C-terminal / Adaptin AP4 complex epsilon appendage platform / Adaptin AP4 complex epsilon appendage platform / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Adaptor protein complex, sigma subunit / : / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain ...Adaptor protein complex AP-4, epsilon subunit / AP-4 complex subunit epsilon-1, C-terminal / Adaptin AP4 complex epsilon appendage platform / Adaptin AP4 complex epsilon appendage platform / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Adaptor protein complex, sigma subunit / : / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Adaptin N terminal region / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-4 complex subunit mu-1 / AP-4 complex subunit epsilon-1 / AP-4 complex subunit sigma-1 / AP-4 complex subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Wang, Y.H. / Li, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Not funded 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural basis for the dynamic conformations of AP-4 and its association with ARF1.
著者: Yanghui Wang / Wei Li / Yunlong Qiu / Si Wu / Liu Hong / Yan Zhao / Wei Feng /
要旨: Among the distinct adaptor protein (AP) complexes, AP-4 primarily functions as a non-clathrin-coated vesicle machinery essential for intracellular membrane trafficking. ARF1 is a master regulator of ...Among the distinct adaptor protein (AP) complexes, AP-4 primarily functions as a non-clathrin-coated vesicle machinery essential for intracellular membrane trafficking. ARF1 is a master regulator of AP-4 membrane recruitment, but the underlying mechanism remains elusive. Here, we present the cryo-EM structures of soluble AP-4 and the AP-4/ARF1 complex. Unexpectedly, AP-4 adopts a dynamic equilibrium between closed and open conformations, caused by loose contacts between its medium subunit and central core. ARF1 binding induces only subtle changes in AP-4, which retains its conformational equilibrium. Mutations at the AP-4/ARF1 interface disrupt complex formation and impair ARF1-dependent membrane recruitment. Efficient membrane recruitment of AP-4 likely requires the synergistic engagement of ARF1 and cargoes. Disrupting the conformational flexibility of AP-4 interferes with this synergistic effect and compromises AP-4-mediated membrane trafficking. Our findings may redefine AP-4 as a conformationally dynamic complex modulated by cooperative interactions, providing insights into neurodevelopmental disorders associated with AP-4 dysfunction.
履歴
登録2025年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: AP-4 complex subunit beta-1
E: AP-4 complex subunit epsilon-1
S: AP-4 complex subunit sigma-1
M: AP-4 complex subunit mu-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,7964
ポリマ－200,7964
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 AP-4 complex subunit beta-1 / AP-4 adaptor complex subunit beta / Adaptor-related protein complex 4 subunit beta-1 / Beta subunit ...AP-4 adaptor complex subunit beta / Adaptor-related protein complex 4 subunit beta-1 / Beta subunit of AP-4 / Beta4-adaptin


分子量: 64265.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP4B1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y6B7
#2: タンパク質 AP-4 complex subunit epsilon-1 / AP-4 adaptor complex subunit epsilon / Adaptor-related protein complex 4 subunit epsilon-1 / ...AP-4 adaptor complex subunit epsilon / Adaptor-related protein complex 4 subunit epsilon-1 / Epsilon subunit of AP-4 / Epsilon-adaptin


分子量: 69470.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP4E1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UPM8
#3: タンパク質 AP-4 complex subunit sigma-1 / AP-4 adaptor complex subunit sigma-1 / Adaptor-related protein complex 4 subunit sigma-1 / Sigma-1 ...AP-4 adaptor complex subunit sigma-1 / Adaptor-related protein complex 4 subunit sigma-1 / Sigma-1 subunit of AP-4 / Sigma-4-adaptin / Sigma4-adaptin


分子量: 17023.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP4S1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y587
#4: タンパク質 AP-4 complex subunit mu-1 / AP-4 adaptor complex mu subunit / Adaptor-related protein complex 4 subunit mu-1 / Mu subunit of AP- ...AP-4 adaptor complex mu subunit / Adaptor-related protein complex 4 subunit mu-1 / Mu subunit of AP-4 / Mu-adaptin-related protein 2 / mu-ARP2 / Mu4-adaptin / mu4


分子量: 50035.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP4M1, MUARP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00189
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hetero-tetrameric complex of AP-4 core / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.208 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS TITAN THEMIS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 53 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 275020 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311175
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6615121
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0091483
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411769
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041906

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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