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- PDB-9tnz: SP100 CARD filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9tnz
タイトルSP100 CARD filament
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immunity / interferon / DNA damage / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Fas signaling pathway / regulation of viral process / maintenance of protein location / chromo shadow domain binding / negative regulation of viral transcription / response to type I interferon / negative regulation of protein export from nucleus / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endothelial cell migration / type I interferon-mediated signaling pathway ...regulation of Fas signaling pathway / regulation of viral process / maintenance of protein location / chromo shadow domain binding / negative regulation of viral transcription / response to type I interferon / negative regulation of protein export from nucleus / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endothelial cell migration / type I interferon-mediated signaling pathway / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / regulation of angiogenesis / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / type II interferon-mediated signaling pathway / response to retinoic acid / response to type II interferon / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / retinoic acid receptor signaling pathway / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / response to cytokine / nuclear periphery / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / telomere maintenance / cell chemotaxis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / PML body / kinase binding / Interferon gamma signaling / transcription corepressor activity / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / periplasmic space / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity / nuclear body / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily / HMG-box domain ...HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Nuclear autoantigen Sp-100
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Rabl, J. / Aird, E. / Corn, J.
資金援助European Union, スイス, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)855741-DDREAMM-ERC-2019-SyGEuropean Union
Swiss National Science Foundation310030_188858 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 144-2021European Union
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: SP100 CARD filament
著者: Rabl, J. / Aird, E. / Corn, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2025年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02026年2月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
C: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
D: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
E: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
F: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
G: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
H: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
I: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
J: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
K: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
L: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
M: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
N: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
O: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
P: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
Q: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
R: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
S: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
T: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
V: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
W: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
X: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
Y: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
Z: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100
AA: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,530,72826
ポリマ－1,530,72826
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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21given(0.997726144067, 0.0673067648019, -0.00351295571158), (0.0673041699367, -0.997732139932, -0.000851854500038), (-0.00356232439008, 0.000613480937436, -0.999993466722)-9.20748850156, 291.975378881, 408.307642608
22given(0.736260854901, -0.676692233334, -0.00275225097337), (-0.676695527633, -0.736262870223, -0.000385761054901), (-0.00176533869145, 0.00214645668867, -0.999996138144)142.669255561, 364.850063692, 387.871526682
23given(0.0168801786429, -0.999855892425, -0.00180387122131), (-0.999857337138, -0.0168790580563, -0.00063464182772), (0.000604102723954, 0.00181432674331, -0.999998171638)300.099257126, 304.957128946, 367.648942076
24given(0.992449766808, -0.122598702416, -0.00360811988718), (-0.12258500011, -0.992450736, 0.00380188905745), (-0.00404698790278, -0.00333088253173, -0.999986263461)20.2778015353, 318.965429998, 249.952450829
25given(0.594925539266, -0.803775943286, -0.00279923624707), (-0.803765455738, -0.594932092541, 0.00411064792283), (-0.00496939538968, -0.000195600034378, -0.999987633349)183.219772107, 361.891364296, 229.6856497

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要素

#1: タンパク質 ...
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Nuclear autoantigen Sp-100 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Nuclear dot-associated Sp100 ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Nuclear dot-associated Sp100 protein / Speckled 100 kDa


分子量: 58874.168 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, SP100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P23497
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: SP100 CARD domain filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES pH 8.01
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.05 %NP401
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 64 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10995
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.0粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.4.0CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10PHENIX1.21rc1_4985モデル精密化
11cryoSPARC4.4.0初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.4.0最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.4.0分類
14cryoSPARC4.4.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 46.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 19.8 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 2890408
3次元再構成解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 296140 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 66.53 / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 66.53 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002421944
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.373129614
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0363302
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043822
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d2.69162782
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.46126620131E-11
ens_1d_3EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.93873206652E-13
ens_1d_4EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.09589901709E-13
ens_1d_5EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.36732993394E-13
ens_1d_6EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.97240312129E-11
ens_1d_7EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.79010865028E-10
ens_1d_8EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.21563289005E-13
ens_1d_9EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.18313326927E-14
ens_1d_10EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.95084473263E-12
ens_1d_11EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.68953529956E-13
ens_1d_12EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.10712086942E-12
ens_1d_13EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints7.36405935112E-14
ens_1d_14EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.27187717962E-10
ens_1d_15EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.30539809483E-11
ens_1d_16EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.85837623069E-12
ens_1d_17EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.30478242475E-12
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ens_1d_19EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.24861518437E-13
ens_1d_20EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.50824250742E-13
ens_1d_21EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.09022402778E-12
ens_1d_22EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.69027948165E-13
ens_1d_23EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.73319761127E-10
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ens_1d_25EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.27442710509E-13
ens_1d_26EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.19241657522E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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