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万見
- PDB-9ten: PhiC31 excisive synapse: B-bound subregion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ten
タイトルPhiC31 excisive synapse: B-bound subregion
要素
  • Integrase
  • Recombination directionality factor
  • attL60_Fw
  • attL60_Rv
キーワードRECOMBINATION / Serine integrase / Recombinase / Site-specific recombination / RDF / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


provirus excision / DNA strand exchange activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Recombination directionality factor-like / Recombination directionality factor-like / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / : / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Recombination directionality factor / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Lomovskayavirus C31 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Sun, Y.E. / Spagnolo, L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W017571/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural mechanisms of unidirectional prophage integration and excision by serine integrases
著者: Sun, Y.E. / Aspinall, L. / Joseph, A.P. / Colloms, S.D. / Stark, W.M. / Spagnolo, L.
履歴
登録2025年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: attL60_Fw
F: attL60_Rv
J: Recombination directionality factor
B: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,3626
ポリマ－137,2314
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: DNA鎖 attL60_Fw


分子量: 18701.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lomovskayavirus C31 (ウイルス)
#2: DNA鎖 attL60_Rv


分子量: 18293.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lomovskayavirus C31 (ウイルス)
#3: タンパク質 Recombination directionality factor / RDF / Gene product 3 / gp3


分子量: 30669.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lomovskayavirus C31 (ウイルス) / 遺伝子: 3, rdf / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9T216
#4: タンパク質 Integrase


分子量: 69566.398 Da / 分子数: 1 / Mutation: S12A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lomovskayavirus C31 (ウイルス) / 遺伝子: int / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9T221
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PhiC31 excisive synapse: B-bound subregion / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.115 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Lomovskayavirus C31 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 60.07 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7611
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4359047
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115490 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 92.06 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00396156
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57648576
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0408933
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0229915
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.76571240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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