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万見
- PDB-9syv: Symmetric hexameric MmpS4-MmpL4 complex from Mycobacterium tuberc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9syv
タイトルSymmetric hexameric MmpS4-MmpL4 complex from Mycobacterium tuberculosis
要素
  • Siderophore export accessory protein MmpS4
  • Siderophore exporter MmpL4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RND superfamily / MmpL family / siderophore export / drug resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transport accessory protein MmpS / Transport accessory protein MmpS, C-terminal / Mycobacterium membrane protein / Membrane transport protein MmpL family / : / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family
類似検索 - ドメイン・相同性
Siderophore export accessory protein MmpS4 / Siderophore exporter MmpL4
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Lichti, N.P. / Earp, J.C. / Garaeva, A.A. / Seeger, M.A.
資金援助European Union, スイス, 米国, ドイツ, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)772190European Union
University of ZurichFK-21-041 スイス
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 Al151239 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 Al137338 米国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF)NA ドイツ
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: Structural elucidation of the hexameric MmpS4-MmpL4 complex from .
著者: Jennifer C Earp / Nicolas P Lichti / Alisa A Garaeva / Virginia Meikle / Michael Niederweis / Markus A Seeger /
要旨: contains thirteen Mycobacterial membrane protein Large (MmpL) transporters, which belong to the family of secondary active RND transporters. MmpL4 and MmpL5, together with their operon partners ... contains thirteen Mycobacterial membrane protein Large (MmpL) transporters, which belong to the family of secondary active RND transporters. MmpL4 and MmpL5, together with their operon partners MmpS4 and MmpS5, export the mycobacterial siderophore mycobactin and the last resort TB drug bedaquiline. Recently, we determined a structure of the MmpL4 monomer in complex with desferrated mycobactin, which lacked a functionally essential coiled-coil domain predicted to extend far into the periplasm. Here, we present a cryo-EM structure of the hexameric (MmpS4)-(MmpL4) complex, which was enabled by rational disulfide cross-links based on AlphaFold predictions. We observed density for the coiled-coil domain, which protrudes into the periplasmic space at an angle of around 60° relative to the symmetry axis of the MmpL4 trimer. In the context of the hexameric complex, MmpL4's conformation differs strikingly from the one observed for monomeric MmpL4, which includes formation of a large cavity in the periplasmic domain and rearrangements of conserved proton coupling residues at the transmembrane domain. Our work provides an experimental workflow to obtain single particle cryo-EM structures of labile multiprotein complexes by AlphaFold-informed stabilization of predicted protein interfaces.
履歴
登録2025年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Siderophore exporter MmpL4
B: Siderophore exporter MmpL4
C: Siderophore exporter MmpL4
D: Siderophore export accessory protein MmpS4
E: Siderophore export accessory protein MmpS4
F: Siderophore export accessory protein MmpS4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,4326
ポリマ－362,4326
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Siderophore exporter MmpL4


分子量: 105317.070 Da / 分子数: 3 / 変異: C39S, C319S, C335S, C393S, S434C, C780S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mmpL4, Rv0450c, MTV037.14c / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJV3
#2: タンパク質 Siderophore export accessory protein MmpS4 / PGB14T-X


分子量: 15493.614 Da / 分子数: 3 / 変異: D39C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mmpS4, Rv0451c, MTV037.15c / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJS9
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Symmetric hexameric MmpS4-MmpL4 complex from Mycobacterium tuberculosisCOMPLEXall0RECOMBINANT
2MmpL4COMPLEX#11RECOMBINANTCysteine-depleted (C39S, C319S, C335S, C393S, C780S) full-length MmpL4 with S434C mutation
3MmpS4COMPLEX#21RECOMBINANTFull-length MmpS4 with D39C mutation
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.364 MDaNO
210.106 MDaNO
310.015 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mycobacterium tuberculosis (結核菌)1773
32Mycobacterium tuberculosis (結核菌)1773
43Mycobacterium tuberculosis (結核菌)1773
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli MC1061 (大腸菌)1211845
32Escherichia coli MC1061 (大腸菌)1211845
43Escherichia coli MC1061 (大腸菌)1211845
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HC1 pH 7.5, 150mM NaC1, 0.03% DDM
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: at 15 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 62.92 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14584
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.7.0粒子像選択
2EPU2.9画像取得
4cryoSPARC4.7.0CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング1.3
8Cootモデルフィッティング0.9.8.92
10cryoSPARC4.7.0初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.7.0最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.7.0分類
13cryoSPARC4.7.0３次元再構成
14PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9066275
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76903 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 78.2 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 9GI0

9gi0


Accession code: 9GI0 / Chain residue range: 1-783 / 詳細: entire monomer used / Pdb chain residue range: 1-783 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.89 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00417550
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67923865
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9192442
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412853
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062982

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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