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万見
- PDB-9sie: Structure of the bacterial archaellum from L. aerophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9sie
タイトルStructure of the bacterial archaellum from L. aerophila
要素Flagellin
キーワードPROTEIN FIBRIL / Helical / cell surface structure / motility / archaellum
機能・相同性Flagellin, archaea / Archaeal-type flagellin / Flagellin/pilin, N-terminal / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / membrane / Flagellin
機能・相同性情報
生物種Litorilinea aerophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sivabalasarma, S. / Taib, N. / Mollat, C.L. / Joest, M. / Steimle, S. / Gribaldo, S. / Albers, S.-V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)403222702 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structure of a functional archaellum in Bacteria of the Chloroflexota phylum.
著者: Shamphavi Sivabalasarma / Najwa Taib / Clara L Mollat / Marie Joest / Stefan Steimle / Simonetta Gribaldo / Sonja-Verena Albers /
要旨: Motility in Archaea is driven by the archaellum, a rotary ATP-driven machinery unrelated to the bacterial flagellum. To date, archaella have been described exclusively in archaea; however, recent ...Motility in Archaea is driven by the archaellum, a rotary ATP-driven machinery unrelated to the bacterial flagellum. To date, archaella have been described exclusively in archaea; however, recent work reported archaellum genes in bacterial strains of the SAR202 clade (Chloroflexota). Here, using MacSyFinder, we show that bona fide archaellum gene clusters are widespread in several members of the Chloroflexota. Analysis of archaellum-encoding loci and Alphafold3-predicted structures show similarity to the archaellum machinery. Using cryo electron microscopy single-particle analysis, we solved the structure of the bacterial archaellum from Litorilinea aerophila to 2.7 Å. We also show the expression and assembly of this machinery in bacteria and its function in swimming motility. Finally, a phylogenomic analysis revealed two horizontal gene transfer events from euryarchaeal members to Chloroflexota. In summary, our study shows that a functional and assembled archaellum machinery can be exchanged between the two prokaryotic domains.
履歴
登録2025年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Flagellin
D: Flagellin
E: Flagellin
F: Flagellin
G: Flagellin
H: Flagellin
I: Flagellin
J: Flagellin
K: Flagellin
L: Flagellin
M: Flagellin
N: Flagellin
O: Flagellin
P: Flagellin
Q: Flagellin
R: Flagellin
S: Flagellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,96717
ポリマ－330,96717
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Flagellin


分子量: 19468.656 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Litorilinea aerophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A540VDN8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Archaellum filament of L. aerophila / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Archaellum filament isolated from the cell surface of L. aerophila
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Litorilinea aerophila (バクテリア) / 株: DSM:25763 / 細胞内の位置: cell surface
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 2% NaCl in 1x PBS, pH 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
12 %sodium chlorideNaCl1
21 xphosphate buffered salinePBS1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: sheared and purified archaella filament from L. aerophila
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU3.6画像取得
9PHENIX1.18.2_3874モデル精密化
13cryoSPARCv4.6３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 108.14 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.64 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1302899 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00623681
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.76132470
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d26.5093264
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0494165
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0074131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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