PDB-9rwr: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rwr

タイトル

Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB) Double-Ring in Open Conformation

要素

Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

キーワード

CHAPERONE / Chaperonins / Ancestors / Evolution / Cryoelectron Microscopy

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Cuellar, J. / Gutierrez-Seijo, J. / Severino, R.

資金援助

スペイン, 3件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	PID2021-126746NB-I00	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	PID2022-137175NB-I00	スペイン
Other private	RTI2018-094368-B-I00

引用

ジャーナル: Mol Biol Evol / 年: 2025
タイトル: Ancestral Chaperonins Provide the First Structural Glimpse into Early Multimeric Protein Evolution.
著者: Rita Severino / Jorge Cuéllar / Jorge Gutiérrez-Seijo / Moisés Maestro-López / Luis Sánchez-Pulido / César Santiago / Mercedes Moreno-Paz / José María Valpuesta / Víctor Parro /

要旨: Chaperonins are essential protein-folding machines, classified into three structural and phylogenetic groups: Group I (bacterial GroEL), Group II (archaeal thermosome and eukaryotic CCT), and Group ...

履歴

登録	2025年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年12月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.1	2025年12月24日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rwr.cif.gz	2.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rwr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/9rwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/9rwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	54341MC 54339C 54340C 54342C 54343C 54344C 54345C 9rwpC 9rwqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

B: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

C: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

D: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

E: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

F: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

G: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

H: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

I: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

J: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

K: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

L: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

M: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

N: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

785 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB) 分子量: 56053.145 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.802 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 43 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	Xmipp	3	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	Gctf	3	CTF補正
7	Coot	0.9.8.96	モデルフィッティング
9	RELION	5	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	4	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	4	最終オイラー角割当
12	RELION	5	分類
13	cryoSPARC	4	３次元再構成
20	PHENIX	1.20.1_4487:	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 245876

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44531 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL

原子モデル構築

Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)