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- PDB-9ria: Cryo-EM structure of tomato NRC3-AVRcap1b complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ria
タイトルCryo-EM structure of tomato NRC3-AVRcap1b complex
要素
  • RxLR effector protein PITG_16705
  • SlNRC3
キーワードIMMUNE SYSTEM / Effector / NLR / Plant Immunity / Resistosome
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding / host cell cytoplasm / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Effector PexRD54, WY-domain / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain ...: / Effector PexRD54, WY-domain / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein / RxLR effector protein PITG_16705
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
Phytophthora infestans (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Seager, B.A. / Kamoun, S. / Madhuprakash, J.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V002937/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/Y002997/1 英国
European Research Council (ERC)EP/Y032187/1European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of tomato NRC3-AVRcap1b complex
著者: Seager, B.A. / Kamoun, S. / Madhuprakash, J.
履歴
登録2025年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SlNRC3
B: SlNRC3
C: SlNRC3
G: RxLR effector protein PITG_16705
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)393,9527
ポリマ－392,4304
非ポリマー1,5223
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 SlNRC3


分子量: 104763.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: LOC101260638 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: A0A3Q7GDL1
#2: タンパク質 RxLR effector protein PITG_16705


分子量: 78138.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phytophthora infestans (真核生物)
遺伝子: PITG_16705 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: D0NVF3
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1SlNRC3-AVRcap1b complexCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2SlNRC3COMPLEX#11RECOMBINANT
3AVRcap1bCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Solanum lycopersicum (トマト)4081
32Solanum lycopersicum (トマト)4081
43Phytophthora infestans (真核生物)4787
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Nicotiana benthamiana (ナス科)4100
32Nicotiana benthamiana (ナス科)4100
43Nicotiana benthamiana (ナス科)4100
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris1
2150 mMSaltNaCl1
35 mMSaltMgCl21
45 %Glycerol1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50.13 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7555
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.6.2粒子像選択
2EPU3.4画像取得
4cryoSPARC4.6.2CTF補正
7Coot0.9.8.95モデルフィッティング
8UCSF ChimeraX1.8モデルフィッティング
10cryoSPARC4.6.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.6.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.6.2分類
13cryoSPARC4.6.2３次元再構成
14PHENIX1.21.2モデル精密化
15ISOLDE1.8モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3531889
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 267047 / 詳細: composite map / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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