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万見
- PDB-9rha: Cryo-EM structure of the inward-facing apo NhaA with flexible N-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rha
タイトルCryo-EM structure of the inward-facing apo NhaA with flexible N-terminus at pH 5.5
要素
  • Fv6F9 heavy chain
  • Fv6F9 light chain
  • Na(+)/H(+) antiporter NhaA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NhaA / sodium proton exchanger
機能・相同性
機能・相同性情報


response to alkaline pH / sodium:proton antiporter activity / cardiolipin binding / response to salt stress / regulation of intracellular pH / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) antiporter NhaA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Weng, T.-H. / Safarian, S. / Michel, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conformational ensemble reveals pH-dependent activation and substrate recognition of the Na+/H+ antiporter NhaA
著者: Weng, T.-H. / Fabian, B. / Olkhova, E. / Welsch, S. / Schmidt, S.L. / Danieli, T. / Keren, Y. / Abraham, R. / Safarian, S. / Hummer, G. / Padan, E. / Michel, H.
履歴
登録2025年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
B: Fv6F9 heavy chain
C: Fv6F9 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7143
ポリマ－70,7143
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) antiporter NhaA / Na(+)/H(+) exchanger / Na(+)/Li(+)/H(+) antiporter / Sodium/proton antiporter NhaA


分子量: 43585.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nhaA, ant, b0019, JW0018 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13738
#2: 抗体 Fv6F9 heavy chain


分子量: 13934.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fv6F9 light chain


分子量: 13193.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1NhaA in complex with Fv6F9COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2NhaACOMPLEX#11RECOMBINANT
3Fv6F9COMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.07 MDaNO
210.043 MDaNO
310.027 MDaNO
43
52
63
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli (大腸菌)562
33Mus musculus (ハツカネズミ)10090
42Escherichia coli (大腸菌)562
53Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Escherichia coli (大腸菌)562
32Escherichia coli (大腸菌)562
43Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 5.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5a粒子像選択
2EPU3.6画像取得
3RELION4CTF補正
4ISOLDEモデルフィッティング
5Coot0.9.8モデルフィッティング
10RELION4初期オイラー角割当
11RELION4最終オイラー角割当
12RELION4分類
13RELION4３次元再構成
14PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16815 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 9RH1

9rh1


Accession code: 9RH1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0044802
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5026500
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.705751
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.039755
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003788

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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