PDB-9rfv: Cryo-EM structure of amyloidogenic antimicrobial peptide aurein 1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rfv

タイトル

Cryo-EM structure of amyloidogenic antimicrobial peptide aurein 1.2 polymorph 2 in aqueous solution

要素

(Aurein-1.2) x 2

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Amyloid / Antimicrobial

機能・相同性

Aurein antibiotic peptide family / Aurein-like antibiotic peptide / defense response to bacterium / extracellular region / Aurein-1.2

機能・相同性情報

生物種

Ranoidea aurea (カエル)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å

データ登録者

Ragonis-Bachar, P. / Strati, F. / Gustavsson, E. / Khokhlov, A. / Barnea, E. / Rayan, B. / Upchr, A. / Landau, M. / Banerjee, S.

資金援助

European Union,

イスラエル,

ドイツ, 8件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	101087140	European Union
Israel Science Foundation	2111/20	イスラエル
Volkswagen Foundation	76251-4659/2022 (ZN 4042)	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	152/772-1	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	152/774-1	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	152/775-1	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	152/776-1	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	152/777-1 FUGG	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amyloidogenic Nature and Structural Polymorphism of Antimicrobial, Virulent and Defense Peptides
著者: Ragonis-Bachar, P. / Strati, F. / Gustavsson, E. / Khokhlov, A. / Barnea, E. / Rayan, B. / Upchr, A. / Landau, M. / Banerjee, S.

履歴

登録	2025年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年8月26日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rfv.cif.gz	51.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rfv.ent.gz	39.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/9rfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/9rfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53942MC 53928C 54645C 54646C 54647C 9rd7C 9s7oC 9s7pC 9s7qC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aurein-1.2

B: Aurein-1.2

C: Aurein-1.2

D: Aurein-1.2

E: Aurein-1.2

F: Aurein-1.2

G: Aurein-1.2

H: Aurein-1.2

I: Aurein-1.2

J: Aurein-1.2

K: Aurein-1.2

L: Aurein-1.2

14.4 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質・ペプチド	Aurein-1.2 分子量: 1163.387 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ranoidea aurea (カエル) / 発現宿主: Ranoidea aurea (カエル) / 参照: UniProt: P82387
#2: タンパク質・ペプチド	Aurein-1.2 分子量: 1310.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ranoidea aurea (カエル) / 発現宿主: Ranoidea aurea (カエル) / 参照: UniProt: P82387
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Aurein 1.2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Ranoidea aurea (カエル)
緩衝液	pH: 5.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was fibrillated in aqueous solution
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	Topaz		粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	CTFFIND	4.1	CTF補正
7	Coot	0.9.8.92	モデルフィッティング
9	Servalcat		モデル精密化
10	RELION	4	初期オイラー角割当
11	RELION	4	最終オイラー角割当
12	RELION	4	分類
13	RELION	4	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -2.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.84 Å / らせん対称軸の対称性: C1

粒子像の選択

選択した粒子像数: 131027

3次元再構成

解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90810 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT

原子モデル構築

詳細: De novo generated in Coot / Source name: Other / タイプ: other

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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