PDB-9rcd: Sheathed flagellar filament in Vibrio alginolyticus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rcd

タイトル

Sheathed flagellar filament in Vibrio alginolyticus

要素

Flagellin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / FlaA / flagellin / filament / Vibrio alginolyticus

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio alginolyticus (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Qin, K. / Einenkel, R. / Erhardt, M. / Bergeron, J.R.C.

資金援助

英国,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of a sheathed bacterial flagellum filament reveals the molecular mechanism for sheath assembly
著者: Qin, K. / Einenkel, R. / Zhao, W. / Erhardt, M. / Bergeron, J.R.C.

履歴

登録	2025年5月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月15日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月15日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月15日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月15日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月15日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rcd.cif.gz	2.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rcd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rcd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/9rcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/9rcd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53917MC 53912C 53992C 9rcbC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

1: Flagellin

2: Flagellin

3: Flagellin

A: Flagellin

B: Flagellin

C: Flagellin

D: Flagellin

E: Flagellin

F: Flagellin

G: Flagellin

H: Flagellin

I: Flagellin

J: Flagellin

K: Flagellin

L: Flagellin

M: Flagellin

N: Flagellin

O: Flagellin

P: Flagellin

Q: Flagellin

R: Flagellin

S: Flagellin

T: Flagellin

U: Flagellin

V: Flagellin

c: Flagellin

h: Flagellin

i: Flagellin

j: Flagellin

k: Flagellin

l: Flagellin

m: Flagellin

n: Flagellin

o: Flagellin

p: Flagellin

q: Flagellin

r: Flagellin

s: Flagellin

t: Flagellin

u: Flagellin

v: Flagellin

w: Flagellin

x: Flagellin

z: Flagellin

1.76 MDa, 44 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	... Flagellin 分子量: 40113.129 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 参照: UniProt: B9VXZ1
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Flagellar filament in Vibrio alginolyticus / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72779 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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