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万見
- PDB-9r7r: Potato virus A (PVA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r7r
タイトルPotato virus A (PVA)
要素
  • Capsid protein
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS / potato virus A / potyvirus / coat protein / RNA / helical
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear-inclusion-a endopeptidase / helper-component proteinase / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / host cell cytoplasmic vesicle / helical viral capsid / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...nuclear-inclusion-a endopeptidase / helper-component proteinase / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / host cell cytoplasmic vesicle / helical viral capsid / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Helper component proteinase / Peptidase S30, polyprotein P1, potyvirus / Polyprotein, Potyviridae / Helper-component proteinase (HC-Pro) cysteine protease (CPD) domain / Potyviral polyprotein protein 3 / Helper-component proteinase (HC-Pro) cysteine protease (CPD) domain superfamily / Helper component proteinase / Peptidase family C4 / Potyvirus P1 protease / Potyviridae polyprotein ...Helper component proteinase / Peptidase S30, polyprotein P1, potyvirus / Polyprotein, Potyviridae / Helper-component proteinase (HC-Pro) cysteine protease (CPD) domain / Potyviral polyprotein protein 3 / Helper-component proteinase (HC-Pro) cysteine protease (CPD) domain superfamily / Helper component proteinase / Peptidase family C4 / Potyvirus P1 protease / Potyviridae polyprotein / Protein P3 of Potyviral polyprotein / Helper-component proteinase (HC-Pro) cysteine protease (CPD) domain profile. / Potyviridae P1 protease domain profile. / Potyvirus NIa protease (NIa-pro) domain / Potyvirus NIa protease (NIa-pro) domain profile. / Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Potato virus A (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Koritnik, N. / Kezar, A. / Podobnik, M.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research Agency スロベニア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2026
タイトル: Species-specific structural adaptation of the potyviral coat protein in virions and virus-like particles.
著者: Neža Koritnik / Andreja Kežar / Luka Kavčič / Magda Tušek Žnidarič / Adrijana Leonardi / Swarnalok De / Maija Pollari / Kristiina Mäkinen / Marjetka Podobnik /
要旨: Potyviruses are the largest group of plant positive-sense single-stranded RNA viruses and represent a major economic burden worldwide. Their coat protein (CP) forms a filamentous, flexible capsid ...Potyviruses are the largest group of plant positive-sense single-stranded RNA viruses and represent a major economic burden worldwide. Their coat protein (CP) forms a filamentous, flexible capsid around the genomic RNA. However, information is still lacking on the mechanisms of virion assembly, disassembly and stability, which is central to understanding virus biology and control. Here, we investigate the role of CP in these processes using structural, biochemical and biophysical studies of five potyviral CPs from three phylogenetic clades combined with bioinformatics and in planta experiments. Our results suggest that, while potyviruses have a conserved virion structure, the amino acids forming the CP-CP and CP-RNA interactions leading to this structure are species-specific. We show that the species-specific CP sequence also determines the architecture of RNA-free virus-like particles (VLPs) and the degree of their structural polymorphism. We identify the residues that determine this specificity at distinct S1-S4 interaction sites. In contrast, a highly conserved charged amino acid triad at the CP-CP interface is essential for the stability of virions and RNA-free VLPs. These results contribute to understanding the molecular mechanism of potyviral virion assembly and highlight the significance of the amino acid sequence of selected CPs in potential biotechnological or biomedical applications.
履歴
登録2025年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
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改定 1.12026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22026年2月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22026年2月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: Capsid protein
Ab: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ac: Capsid protein
Ad: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ae: Capsid protein
Af: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ag: Capsid protein
Ah: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ai: Capsid protein
Aj: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ak: Capsid protein
Al: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Am: Capsid protein
An: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ao: Capsid protein
Ap: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Aq: Capsid protein
Ar: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
As: Capsid protein
At: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Au: Capsid protein
Av: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Aw: Capsid protein
Ax: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ay: Capsid protein
Az: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ba: Capsid protein
Bb: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bc: Capsid protein
Bd: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Be: Capsid protein
Bf: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bg: Capsid protein
Bh: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bi: Capsid protein
Bj: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bk: Capsid protein
Bl: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bm: Capsid protein
Bn: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bo: Capsid protein
Bp: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bq: Capsid protein
Br: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bs: Capsid protein
Bt: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bu: Capsid protein
Bv: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bw: Capsid protein
Bx: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
By: Capsid protein
Bz: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ca: Capsid protein
Cb: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Cc: Capsid protein
Cd: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ce: Capsid protein
Cf: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Cg: Capsid protein
Ch: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ci: Capsid protein
Cj: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ck: Capsid protein
Cl: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Cm: Capsid protein
Cn: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Co: Capsid protein
Cp: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Cq: Capsid protein
Cr: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Cs: Capsid protein
Ct: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,148,95272
ポリマ－1,148,95272
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein / CP / Coat protein


分子量: 30429.461 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Potato virus A (ウイルス) / 株: isolate B11 / 参照: UniProt: Q85197
#2: RNA鎖 ...
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1485.872 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Potato virus A (ウイルス) / 株: isolate B11
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Potato virus A (PVA) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Potato virus A (ウイルス) / 株: isolate B11
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -40.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.89 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 481088 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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