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万見
- PDB-9r6t: Prefusion stabilized spike glycoprotein of equine coronavirus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r6t
タイトルPrefusion stabilized spike glycoprotein of equine coronavirus.
要素Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / fusion glycoprotein / membrane protein
機能・相同性Sapienic acid
機能・相同性情報
生物種Equine coronavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Melchers, J.M. / Hulswit, R.J.G. / Hurdiss, D.L.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Other private オランダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2026
タイトル: AI-guided prefusion stabilization of the human coronavirus OC43 spike protein enables universal embecovirus antigen design.
著者: Jelle M Melchers / Jarek Juraszek / Ruben J G Hulswit / Daan van Overveld / Lam Le / Frank J M van Kuppeveld / Daniel L Hurdiss / Berend-Jan Bosch / Johannes P M Langedijk / Mark J G Bakkers /
要旨: The continued threat of zoonotic coronavirus spillovers underscores the need for cross-species applicable vaccine design strategies. The genus Embecovirus includes human coronaviruses OC43 and HKU1 ...The continued threat of zoonotic coronavirus spillovers underscores the need for cross-species applicable vaccine design strategies. The genus Embecovirus includes human coronaviruses OC43 and HKU1 as well as relevant veterinary pathogens. The coronavirus spike (S) fusion glycoprotein, key to viral entry and protective immunity, is inherently metastable, complicating vaccine development. Using the ReCaP AI tool, we stabilized the prefusion conformation of OC43 S through rationally combined amino acid substitutions, resulting in markedly enhanced expression and thermal stability. The substitutions were transferable to equine coronavirus (ECoV) S and HKU1. Cryo-EM structures of stabilized OC43 and ECoV S revealed that stabilization was achieved by arresting the release of the fusion peptide and keeping the S1B receptor binding domain in the 'down' state by improving the complex polar interactions of neighboring S1B domains and the bound free fatty acid at the interprotomer S1B interface. This work provides the first ECoV S structure and a broadly applicable framework for engineering stabilized Embecovirus S antigens.
履歴
登録2025年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12026年4月1日Group: Data collection / Database references
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改定 1.12026年4月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
B: Spike glycoprotein
C: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,77145
ポリマ－430,8943
非ポリマー14,87742
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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d_3ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.499713780685, -0.86619057925, -0.000133461026889), (0.866190585638, -0.499713787117, 1.78255828289E-5), (-8.2132667095E-5, -0.000106694995652, 0.999999990935)356.059718322, 95.3421670561, 0.138373810819
2given(-0.500202820006, 0.865908234439, 0.000261510389083), (-0.865908267568, -0.500202830125, -2.98636836533E-5), (0.00010494902714, -0.000241381906741, 0.99999996536)95.3803360794, 356.052141114, 0.128356242962

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要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 143631.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equine coronavirus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 多糖...
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-8Z9 / Sapienic acid


分子量: 254.408 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Trimeric spike glycoprotein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.435 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Equine coronavirus (ウイルス) / 細胞内の位置: membrane
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, pH 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraX1.9モデルフィッティング
8ISOLDE1.9モデルフィッティング
16PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
17cryoSPARC初期オイラー角割当
19cryoSPARC最終オイラー角割当
21cryoSPARC分類
23cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 906875
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 397300 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
原子モデル構築詳細: ModelAngelo / Source name: Other / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 6.81 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001829658
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.470240413
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04034764
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00315160
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.19344395
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.19807882896E-12
ens_1d_3AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.16060904158E-10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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