PDB-9r50: Supercoiling bacterial archaellum filament from L. aerophila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r50

タイトル

Supercoiling bacterial archaellum filament from L. aerophila

要素

Flagellin

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Helical / cell surface structure / motility / archaellum / Supercoiling / Superhelicity

機能・相同性

Flagellin, archaea / Archaebacterial flagellin / Flagellin/pilin, N-terminal / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / membrane / Flagellin

機能・相同性情報

生物種

Litorilinea aerophila (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Sivabalasarma, S. / Taib, N. / Mollat, C.L. / Joest, M. / Steimle, S. / Gribaldo, S. / Albers, S.-V.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Horizontal gene transfer of the functional archaellum machinery to Bacteria
著者: Sivabalasarma, S. / Taib, N. / Mollat, C.L. / Joest, M. / Steimle, S. / Gribaldo, S. / Albers, S.-V.

履歴

登録	2025年5月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r50.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r50.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r50_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r50_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9r50_validation.xml.gz	184.5 KB	表示
CIF形式データ	9r50_validation.cif.gz	280.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/9r50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/9r50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53582MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

R: Flagellin

S: Flagellin

T: Flagellin

U: Flagellin

V: Flagellin

W: Flagellin

X: Flagellin

Y: Flagellin

Z: Flagellin

An: Flagellin

Ao: Flagellin

Ap: Flagellin

Aq: Flagellin

Ar: Flagellin

At: Flagellin

Au: Flagellin

Aw: Flagellin

Ax: Flagellin

Ay: Flagellin

Az: Flagellin

A0: Flagellin

A1: Flagellin

A2: Flagellin

A3: Flagellin

A4: Flagellin

A5: Flagellin

A7: Flagellin

A8: Flagellin

A: Flagellin

B: Flagellin

C: Flagellin

D: Flagellin

E: Flagellin

F: Flagellin

G: Flagellin

H: Flagellin

I: Flagellin

K: Flagellin

L: Flagellin

M: Flagellin

J: Flagellin

N: Flagellin

818 kDa, 42 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	... Flagellin 分子量: 19468.656 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Litorilinea aerophila (バクテリア) / 株: DSM25763 / 参照: UniProt: A0A540VDN8
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: supercoiling archaellum filament of L. aerophila / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Archaellum filament isolated from the cell surface of L. aerophila
Entity ID: all / 由来: NATURAL

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Litorilinea aerophila (バクテリア) / 株: DSM:25763 / 細胞内の位置: cell surface

緩衝液

pH: 7.4 / 詳細: 2% NaCl in 1x PBS, pH 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	2 %	sodium chloride	NaCl	1
2	1 x	phosphate buffered saline	PBS	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: sheared and purified archaella filament from L. aerophila

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 130000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1805195 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.68 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0035	58506
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.6084	80220
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0483	10290
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	10206
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	7.2565	8591

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関連情報:EMDBヘッダ

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