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- PDB-9qq6: Structure of the Azotobacter vinelandii NifL-NifA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qq6
タイトルStructure of the Azotobacter vinelandii NifL-NifA complex
要素
  • Nif-specific regulatory protein
  • histidine kinase
キーワードGENE REGULATION / biological nitrogen fixation / transcriptional regulation / sustainable agriculture
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen fixation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nif-specific regulatory protein / Nitrogen fixation negative regulator NifL / GAF domain / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. ...Nif-specific regulatory protein / Nitrogen fixation negative regulator NifL / GAF domain / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS fold / PAS fold / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / histidine kinase / Nif-specific regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.45 Å
データ登録者Bueno Batista, M. / Richardson, J. / Webster, M.W. / Ghilarov, D. / Peters, J.W. / Lawson, D.M. / Dixon, R.
資金援助 英国, 米国, 9件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W009986/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01102X/1 英国
Wellcome Trust221868/Z/20/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01097X/1 英国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0018143 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9797 英国
Royal SocietyICA/R1/180088 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/CCG2240/1 英国
Wellcome Trust218785/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional analysis of the NifL-NifA complex for engineered control of nitrogen fixation in Proteobacteria
著者: Bueno Batista, M. / Richardson, J. / Webster, M.W. / Ghilarov, D. / Peters, J.W. / Lawson, D.M. / Dixon, R.
履歴
登録2025年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histidine kinase
B: histidine kinase
C: Nif-specific regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,6268
ポリマ－178,7743
非ポリマー2,8535
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 histidine kinase


分子量: 59897.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The wild-type sequence was pre-pended by a Strep-Tag II in place of the N-terminal methionine with sequence MASWSHPQFEKGADDDDKV
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
遺伝子: nifL, Avin_50990 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1DMA9, histidine kinase
#2: タンパク質 Nif-specific regulatory protein


分子量: 58979.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A hexahistidine tag was appended directly to the C-terminus of the wild-type sequence
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
遺伝子: nifA, Avin_51000 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1DMB0
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NifL-NifA complex from Azotobacter vinelandii / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.24 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 1 mM ADP, 1 mM TCEP
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The particles had a tendency to aggregate, were prone to orientational bias and because they were long and thin, they were difficult to distinguish from the background.
試料支持詳細: glow discharged for 60 seconds at 8 mA using an ACE 200 (Leica Microsystems)
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 2.27 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14218
詳細: mode: counting; super resolution, x2 binning, magnified pixel size 0.83 Angstrom
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.5.3粒子像選択
2EPU3.5.1画像取得
4cryoSPARC4.5.3CTF補正
7UCSF ChimeraX1.9モデルフィッティング
8Coot0.9.8.95 ELモデルフィッティング
10cryoSPARC4.5.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.5.3最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.5.3分類
13cryoSPARC4.5.3３次元再構成
14PHENIX1.21_5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2186245
詳細: Used template-based picking with 2D-classes from blob picker
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 209009 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 456 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient / 詳細: Real space refinement in COOT and PHENIX
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00210127
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56413739
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.3131490
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041555
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051770

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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