PDB-9qpe: Hcp3-Tce1 complex from the Pseudomonas aeruginosa Type VI Secreti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qpe

タイトル

Hcp3-Tce1 complex from the Pseudomonas aeruginosa Type VI Secretion System

要素

DUF4347 domain-containing protein
Hcp family type VI secretion system effector

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / T6SS / cysteine protease / effector / Hcp / Hcp3 / Tce1

機能・相同性

: / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Hcp family type VI secretion system effector / DUF4347 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Paracuellos, P. / Bexter, A. / Patkowski, J.B. / Omelchenko, O. / Mace, K. / Ilangovan, A. / Filloux, A. / Costa, T.R.D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis for toxin delivery by a Type VI Secretion System
著者: Paracuellos, P. / Bexter, A. / Patkowski, J.B. / Omelchenko, O. / Mace, K. / Ilangovan, A. / Filloux, A. / Costa, T.R.D.

履歴

登録	2025年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月8日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qpe.cif.gz	146.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qpe.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qpe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/9qpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/9qpe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	53274MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hcp family type VI secretion system effector

B: Hcp family type VI secretion system effector

C: Hcp family type VI secretion system effector

D: Hcp family type VI secretion system effector

E: Hcp family type VI secretion system effector

F: Hcp family type VI secretion system effector

G: DUF4347 domain-containing protein

128 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Hcp family type VI secretion system effector / Type VI secretion effector protein (Hcp) / Type VI secretion system tube protein Hcp 分子量: 17650.811 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: CAZ10_33725, GNQ48_24960, GUL26_29960, IPC1295_17020, L4V69_18200, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_04092 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069PXC4
#2: タンパク質	DUF4347 domain-containing protein / Tce1 分子量: 21622.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tce1 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA0256 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6N3
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Tce1 toxin in complex with the Hcp3 hexameric ring / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.1391 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 166948 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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