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万見
- PDB-9qks: B subtilis Type VIIb Core Unit (T7bCU) + DUF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qks
タイトルB subtilis Type VIIb Core Unit (T7bCU) + DUF
要素
  • ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein
  • ESX secretion system protein YukC
  • ESX secretion system protein YukD
キーワードPROTEIN TRANSPORT / T7SS / Type VII Secretion System / T7bCU
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / DNA binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EsaB / Type VII secretion system EssB / Type VII secretion system EssB, C-terminal / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukC / Firmicutes EssC, N-terminal / Firmicutes EssC, C-terminal / DNA transporter / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / : ...EsaB / Type VII secretion system EssB / Type VII secretion system EssB, C-terminal / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukC / Firmicutes EssC, N-terminal / Firmicutes EssC, C-terminal / DNA transporter / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / : / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX secretion system protein YukB / Green fluorescent protein / ESX secretion system protein YukC / ESX secretion system protein YukD
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Oka, G.U. / Fronzes, R.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: A ubiquitin-like protein controls assembly of a bacterial type VIIb secretion system.
著者: Gabriel U Oka / Nathanaël Benoit / Axel Siroy / Francesca Gubellini / Esther Marza / Rémi Fronzes /
要旨: Type VII secretion systems (T7SS) are protein translocation machines crucial for virulence and bacterial competition in Gram-positive bacteria. Despite their importance, the structural basis for ...Type VII secretion systems (T7SS) are protein translocation machines crucial for virulence and bacterial competition in Gram-positive bacteria. Despite their importance, the structural basis for assembly of type VIIb secretion systems (T7SSb), a widely distributed variant in Firmicutes, remains poorly understood. We present the cryo-electron microscopy structure of the T7SSb core complex from , revealing how the ubiquitin-like protein YukD, coordinates assembly of the secretion machinery. YukD interacts extensively with the central channel component YukB and facilitates its association with the pseudokinase YukC, forming a stable building block for channel assembly. Time-lapse microscopy and competition assays demonstrate that YukD is essential for proper T7SSb complex formation and contact-dependent bacterial killing. Our findings reveal how bacteria have adapted a ubiquitin-like protein as a structural regulator for assembling a large secretion complex.
履歴
登録2025年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX secretion system protein YukD
C: ESX secretion system protein YukC
D: ESX secretion system protein YukC
G: ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein
H: ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,9465
ポリマ－401,9465
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ESX secretion system protein YukD


分子量: 9277.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yukD, BSU31900 / プラスミド: pGUO19.1WT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71071
#2: タンパク質 ESX secretion system protein YukC


分子量: 53225.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This sequence present a FLAG tag (DYKDDDDK) fused at the C-terminus
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yukC, BSU31890 / プラスミド: pGUO19.1WT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71070
#3: タンパク質 ESX secretion system protein YukB,Green fluorescent protein


分子量: 143109.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: YukB (1?973)?GAGG (linker)?LVPRGS (Thrombin site)?GGSGSV (linker)?msfGFP2 ...詳細: YukB (1?973)?GAGG (linker)?LVPRGS (Thrombin site)?GGSGSV (linker)?msfGFP2 (DSTESLFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVRGEGEGDATNGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTITFKDDGTYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRHNVEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSKLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITGGSGGS)?GSRGRSGSG (linker)?Twin-Strep tag (SAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKKG),YukB (1?973)?GAGG (linker)?LVPRGS (Thrombin site)?GGSGSV (linker)?msfGFP2 (DSTESLFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVRGEGEGDATNGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTITFKDDGTYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRHNVEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSKLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITGGSGGS)?GSRGRSGSG (linker)?Twin-Strep tag (SAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKKG)
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yukB, yukA, yukBA, BSU31875, BSU31880, GFP / プラスミド: pGUO19.1WT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C0SPA7, UniProt: P42212
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: T7bCU (Type VIIb Core Unit) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pGUO19.1WT
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTRIS HClC4H12ClNO31
2300 mMSodium ClorideNaCl1
30.03 mMLauryl Maltose Neopentyl GlycolC47H88O221
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was polidispese
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
撮影電子線照射量: 50.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 303198 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00312209
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50316487
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.0631581
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421777
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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