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- PDB-9q7a: dsDNA in the central channel of the bacteriophage P74-26 neck -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9q7a
タイトルdsDNA in the central channel of the bacteriophage P74-26 neck
要素(DNA (66-MER)) x 2
キーワードVIRUS/DNA / bacteriophage / thermophilic / Neck / Portal / VIRUS / VIRUS-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Oshimavirus P7426 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.54 Å
データ登録者Sedivy, E.L. / Agnello, E. / Song, K. / Xu, C. / Kelch, B.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1817338 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2026
タイトル: The Structure of a Thermostable Phage's Portal Vertex and Neck Complex Illuminates the Headful Maturation Mechanism.
著者: Emma L Sedivy / Emily Agnello / Julia E Hobaugh / Rakeyah Ahsan / Kangkang Song / Chen Xu / Brian A Kelch /
要旨: Viruses assemble from component parts inside their host cells, but the mechanisms coordinating this complex process are not completely understood. In tailed bacteriophages, the genome is packaged ...Viruses assemble from component parts inside their host cells, but the mechanisms coordinating this complex process are not completely understood. In tailed bacteriophages, the genome is packaged into its capsid shell through the portal complex. The portal complex then closes to retain DNA and connects to the tail, which is required for host recognition and infection. The trigger to stop pumping DNA and assemble the mature virus has been a longstanding conundrum in the field. We determined the structure of the portal, the proteins that connect it to the tail, and portal vertex in the hyperthermophilic phage Oshimavirus using cryo-Electron Microscopy (cryo-EM). We find highly intertwined loop structures, like in a wicker basket, potentially stabilizing the portal vertex against high temperatures. Moreover, we observe that the portal protrudes from the capsid in mature virions. We propose that portal is repositioned by packaged DNA, forming a pressure-sensitive switch that terminates genome packaging and triggers tail attachment in headful phages.
履歴
登録2025年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.12026年2月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Ka: DNA (66-MER)
Kb: DNA (66-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6952
ポリマ－40,6952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (66-MER)


分子量: 20091.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oshimavirus P7426 (ウイルス)
#2: DNA鎖 DNA (66-MER)


分子量: 20603.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oshimavirus P7426 (ウイルス)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Oshimavirus P7426 / タイプ: VIRUS
詳細: Virions were purified from infected Thermus thermophilus using cesium chloride gradient ultracentrifugation.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Oshimavirus P7426 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Thermus thermophilus HB8 / 株: HB8
ウイルス殻名称: capsid / 直径: 820 nm / 三角数 (T数): 7
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Virions were purified from infected Thermus thermophilus using cesium chloride and sucrose gradient ultracentrifugation.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 49.0571 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16184

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.4.0粒子像選択Blob Picker
2cryoSPARC4.4.0粒子像選択Template Picker
3Topaz0.2.4粒子像選択used as a wrapper through cryoSPARC 4.4.1
6cryoSPARC4.1.0CTF補正Patch CTF Estimation
7cryoSPARC4.4.1CTF補正Local CTF Refinement
10Cootモデルフィッティング
11ISOLDEモデルフィッティング
12UCSF ChimeraXモデルフィッティング
14PHENIX1.21.2モデル精密化real_space_refine
15cryoSPARC4.4.1初期オイラー角割当Ab-Initio
16cryoSPARC4.6.2最終オイラー角割当Local Refinement
17cryoSPARC4.6.2分類3D Classification
18cryoSPARC4.6.2３次元再構成Local Refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19306 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: FSC was calculated inside the provided mask, which only covers the lumen of the Neck channel
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: Initial model was created by ModelAngelo / Source name: Other / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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