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万見
- PDB-9q1y: Nucleotide-free structure of PmtCD in detergent LMNG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9q1y
タイトルNucleotide-free structure of PmtCD in detergent LMNG
要素
  • ABC transporter, ATP-binding protein, putative
  • Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC-2 family transporter protein / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD / ABC transporter, ATP-binding protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Li, F.K.K. / Hu, J. / Lazarski, A.C. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM analysis of the Staphylococcus aureus phenol-soluble modulin exporter PmtCD apo form in detergent micelles, nanodiscs and peptidiscs.
著者: Jinhong Hu / Aleksander C Lazarski / Franco K K Li / Liam J Worrall / Dylan J Burgin / Natalie Zeytuni / Seth W Dickey / Michael Otto / Natalie C J Strynadka /
要旨: Staphylococci secrete amphipathic peptides known as phenol soluble modulins (PSMs) that play a variety of pathogenic roles including host cell membrane destruction, biofilm development, and the ...Staphylococci secrete amphipathic peptides known as phenol soluble modulins (PSMs) that play a variety of pathogenic roles including host cell membrane destruction, biofilm development, and the triggering of inflammatory responses. PSM export is facilitated by the essential ATP-binding cassette (ABC) transporter PmtCD, which also provides producer immunity toward the membrane-damaging PSMs. Here, we report cryo-EM structures of PmtCD in a nucleotide-free state using different membrane mimetics - detergent, nanodisc and peptidisc - all featuring the transmembrane domains in an open state with a remarkably expansive intervening lumen. The consistently sized lumen suggests the possibility for two α-helical amphipathic PSMs to pack and passage within. A continuous hydrophobic surface with no apparent single high affinity site is in keeping with the ability of PmtCD to export a variety of hydrophobic PSM peptide substrates. The ATP driven collapse of the PmtD lumen is consistent with the lateral access and extrusion mechanisms of related ABC transporters that translocate membrane embedded substrates. Along with a new ADP product complex and prior ATPγS-bound form, these structures provide insights into the export of PSMs and a foundation for design of trojan horse antimicrobials that target MRSA strains from within by blocking membranolytic PSM export.
履歴
登録2025年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: ABC transporter, ATP-binding protein, putative
D: ABC transporter, ATP-binding protein, putative
A: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD
B: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,4444
ポリマ－122,4444
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter, ATP-binding protein, putative


分子量: 33001.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAOUHSC_02152 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: Q2FWW9
#2: タンパク質 Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD


分子量: 28220.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: D7S40_12560 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A0A641A693
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hetero tetrameric complex of PmtC (2) and PmtD (2) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
由来(組換発現)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 8.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2cryoSPARC3.2粒子像選択
14cryoSPARC3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143119 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0098808
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.88611894
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.8411146
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0951390
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0091458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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