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- PDB-9q0d: CryoEM structure of methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9q0d
タイトルCryoEM structure of methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia at 2.38A resolution
要素methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA-acylating) / methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating, NAD) activity / thymine catabolic process / L-valine catabolic process
類似検索 - 分子機能
Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Abendroth, J. / Davies, D.R. / Yang, M. / Hoarnyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia at 2.38A resolution
著者: Abendroth, J. / Davies, D.R. / Yang, M. / Hoarnyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2025年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)
B: methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)
C: methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)
D: methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,1378
ポリマ－220,4834
非ポリマー2,6544
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "D"
d_2ens_1chain "A"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11VALVALPHEPHEDD4 - 50012 - 508
d_12NADNADNADNADDH601
d_21VALVALPHEPHEAA4 - 50012 - 508
d_22NADNADNADNADAE601
d_31VALVALPHEPHECC4 - 50012 - 508
d_32NADNADNADNADCG601
d_41VALVALPHEPHEBB4 - 50012 - 508
d_42NADNADNADNADBF601

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99999999833725, 5.2183033309634E-5, 2.4544390870521E-5), (-5.2183893217195E-5, -0.99999999802468, -3.5035453717925E-5), (2.454256256579E-5, -3.5036734481542E-5, 0.99999999908504)227.83490863314, 227.84571247065, -0.00081565487818125
2given(-0.99999998779013, -0.00014801090125318, 5.0124909095723E-5), (-0.00014800906487707, 0.9999999883755, 3.6637726837736E-5), (-5.0130331296015E-5, 3.6630307449472E-5, -0.99999999807259)227.8516780606, 0.015731877920857, 226.06471957024
3given(0.99999999739335, -6.8381895734325E-5, 2.3177917703162E-5), (-6.837966700217E-5, -0.99999999304021, -9.6144722817371E-5), (2.318449210026E-5, 9.6143137668461E-5, -0.99999999510949)0.0012923674163119, 227.85444319619, 226.04855694463

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要素

#1: タンパク質
methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)


分子量: 55120.836 Da / 分子数: 4 / 断片: BuceA.00020.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
遺伝子: msdA, BCAL1439 / プラスミド: BuceA.00020.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B4E705, methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA-acylating)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tetrameric sample of purified Methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM NAD
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: new / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K
詳細: BuceA.00020.a.B1.PS01775 was diluted from 58 mg/mL to 10 mg/mL into dilution buffer (25 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl) and then further diluted to 1 mg/mL in dilution buffer supplemented with ...詳細: BuceA.00020.a.B1.PS01775 was diluted from 58 mg/mL to 10 mg/mL into dilution buffer (25 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl) and then further diluted to 1 mg/mL in dilution buffer supplemented with 1 mM NAD. 3 uL of mix was transferred onto a Cu 300 QF R1.2/1.3 grid and vitrified in liquid ethane with a Vitrobot using the following parameters: 3 sec wait, 4 sec blot at blot force 7, 95% humidity, 5 C. Data were collected on the University of Washington Glacios equipped with a K3 camera; CEM0001125JA.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 47.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4642

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10PHENIX2.0_5761モデル精密化
14cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2412495 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL / Target criteria: ‘’
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 28.54 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002715472
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.530821024
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0462308
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00442780
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.7765728
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.725858725812E-13
ens_1d_3DDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.4530556385961E-12
ens_1d_4DDELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.3604638602296E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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