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万見
- PDB-9pvb: Hybrid Rubisco containing Arabidopsis thaliana large subunit and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pvb
タイトルHybrid Rubisco containing Arabidopsis thaliana large subunit and Nicotiana tabacum trichome isoform 2 small subunit
要素
  • Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
  • Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
キーワードPHOTOSYNTHESIS / carboxylase / oxygenase / TIM barrel / Calvin-Benson-Bassham Cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / apoplast / thylakoid / reductive pentose-phosphate cycle / plasmodesma / response to abscisic acid / chloroplast envelope ...plant-type cell wall / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / apoplast / thylakoid / reductive pentose-phosphate cycle / plasmodesma / response to abscisic acid / chloroplast envelope / chloroplast stroma / plastid / chloroplast thylakoid membrane / response to cadmium ion / monooxygenase activity / chloroplast / cytosolic ribosome / mRNA binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Azinas, S. / Ceminsky, M. / Gunn, L.H.
資金援助 スウェーデン, 米国, 2件
組織認可番号国
Carl Trygger Foundation スウェーデン
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Heterologous small subunits complement growth and modify Rubisco catalysis in Arabidopsis
著者: Mao, Y. / Azinas, S. / Ceminsky, M. / Orr, D. / Gunn, L.H. / McCormick, A.J.
履歴
登録2025年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
M: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
K: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
O: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
P: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
N: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
I: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
J: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
L: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)523,35432
ポリマ－520,31016
非ポリマー3,04316
水30,1211672
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, native gel electrophoresis, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit


分子量: 50804.406 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: 1a2b3b / 参照: UniProt: O03042, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic / RuBisCO small subunit


分子量: 14234.376 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: LOC107775666, RBCS / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 株 (発現宿主): 1a2b3b Nt-2 / 参照: UniProt: A0A1S3YFM5
#3: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細 (eV)
1Rubisco containing Arabidopsis thaliana large subunit and Nicotiana tabacum trichome isoform 2 small subunitCOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Arabidopsis thaliana Rubisco large subunitCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Nicotiana tabacum Rubisco small subunitCOMPLEX#21RECOMBINANTtrichome type small subunit, isoform 2
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.55 MDaYES
220.55 MDaYES
310.014 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Nicotiana tabacum (タバコ)4097
32Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)37021a2b3b
43Nicotiana tabacum (タバコ)4097
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)37021a2b3b
32Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)37021a2b3b
33Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)37021a2b3b
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3粒子像選択
4cryoSPARC3CTF補正
7Cootモデルフィッティング
12cryoSPARC3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 916243
対称性点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 528218 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5IU0

5iu0


Accession code: 5IU0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.04 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00338701
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61152644
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.7925445
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0465552
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0056887

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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