[日本語] English
万見
- PDB-9pv5: 10E8-GT10.2 immunogen in complex with Rhesus macaque Fab W3-05 an... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pv5
タイトル10E8-GT10.2 immunogen in complex with Rhesus macaque Fab W3-05 and mouse Fab W6-03
要素
  • (W3-05 rhesus macaque Fab ...) x 2
  • (W6-03 mouse Fab ...) x 2
  • 10E8-GT10.2 immunogen
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / Germline targeting / MPER / broadly neutralizing antibody / vaccine design / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種synthetic construct (人工物)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Huang, J. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Decipher antibody responses primed with scaffolds harboring the germline-targeting HIV Env MPER epitope by cryoEM
著者: Huang, J.
#1: ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2024
タイトル: Vaccination induces broadly neutralizing antibody precursors to HIV gp41.
著者: Torben Schiffner / Ivy Phung / Rashmi Ray / Adriana Irimia / Ming Tian / Olivia Swanson / Jeong Hyun Lee / Chang-Chun D Lee / Ester Marina-Zárate / So Yeon Cho / Jiachen Huang / Gabriel ...著者: Torben Schiffner / Ivy Phung / Rashmi Ray / Adriana Irimia / Ming Tian / Olivia Swanson / Jeong Hyun Lee / Chang-Chun D Lee / Ester Marina-Zárate / So Yeon Cho / Jiachen Huang / Gabriel Ozorowski / Patrick D Skog / Andreia M Serra / Kimmo Rantalainen / Joel D Allen / Sabyasachi Baboo / Oscar L Rodriguez / Sunny Himansu / Jianfu Zhou / Jonathan Hurtado / Claudia T Flynn / Katherine McKenney / Colin Havenar-Daughton / Swati Saha / Kaitlyn Shields / Steven Schultze / Melissa L Smith / Chi-Hui Liang / Laura Toy / Simone Pecetta / Ying-Cing Lin / Jordan R Willis / Fabian Sesterhenn / Daniel W Kulp / Xiaozhen Hu / Christopher A Cottrell / Xiaoya Zhou / Jennifer Ruiz / Xuesong Wang / Usha Nair / Kathrin H Kirsch / Hwei-Ling Cheng / Jillian Davis / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Jolene K Diedrich / Julia T Ngo / Vanessa Lewis / Nicole Phelps / Ryan D Tingle / Skye Spencer / Erik Georgeson / Yumiko Adachi / Michael Kubitz / Saman Eskandarzadeh / Marc A Elsliger / Rama R Amara / Elise Landais / Bryan Briney / Dennis R Burton / Diane G Carnathan / Guido Silvestri / Corey T Watson / John R Yates / James C Paulson / Max Crispin / Gevorg Grigoryan / Andrew B Ward / Devin Sok / Frederick W Alt / Ian A Wilson / Facundo D Batista / Shane Crotty / William R Schief /
要旨: A key barrier to the development of vaccines that induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against human immunodeficiency virus (HIV) and other viruses of high antigenic diversity is the design ...A key barrier to the development of vaccines that induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against human immunodeficiency virus (HIV) and other viruses of high antigenic diversity is the design of priming immunogens that induce rare bnAb-precursor B cells. The high neutralization breadth of the HIV bnAb 10E8 makes elicitation of 10E8-class bnAbs desirable; however, the recessed epitope within gp41 makes envelope trimers poor priming immunogens and requires that 10E8-class bnAbs possess a long heavy chain complementarity determining region 3 (HCDR3) with a specific binding motif. We developed germline-targeting epitope scaffolds with affinity for 10E8-class precursors and engineered nanoparticles for multivalent display. Scaffolds exhibited epitope structural mimicry and bound bnAb-precursor human naive B cells in ex vivo screens, protein nanoparticles induced bnAb-precursor responses in stringent mouse models and rhesus macaques, and mRNA-encoded nanoparticles triggered similar responses in mice. Thus, germline-targeting epitope scaffold nanoparticles can elicit rare bnAb-precursor B cells with predefined binding specificities and HCDR3 features.
履歴
登録2025年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 10E8-GT10.2 immunogen
H: W6-03 mouse Fab heavy chain
L: W6-03 mouse Fab light chain
A: W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain
B: W3-05 rhesus macaque Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9256
ポリマ－70,7045
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
抗体 , 4種, 4分子 HLAB

#2: 抗体 W6-03 mouse Fab heavy chain


分子量: 14537.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 W6-03 mouse Fab light chain


分子量: 12410.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain


分子量: 14345.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 W3-05 rhesus macaque Fab light chain


分子量: 11580.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#1: タンパク質 10E8-GT10.2 immunogen


分子量: 17828.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
110E8-GT10.2 immunogen in complex with mouse Fab W6-03 and rhesus macaque Fab W3-05COMPLEX#1-#50RECOMBINANT
2W6-03 mouse Fab heavy chain, W6-03 mouse Fab light chainCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
310E8-GT10.2 immunogenCOMPLEX#11RECOMBINANT
4W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain, W3-05 rhesus macaque Fab light chainCOMPLEX#4-#51RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23synthetic construct (人工物)32630
12Mus musculus (ハツカネズミ)10090
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMTris1
2150 mMsodium chloride1
30.005 mMLauryl Maltose Neopentyl Glycol1
試料濃度: 4.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 50.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
13cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41951 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.9 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る