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万見
- PDB-9ptr: Structure of holo vanadium-dependent haloperoxidase from Enhygrom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ptr
タイトルStructure of holo vanadium-dependent haloperoxidase from Enhygromyxa salina bound to vanadate, and bromide
要素Vanadium-dependent haloperoxidase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / vanadium haloperoxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function (DUF6851) / : / VCPO second helical-bundle domain / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / Vanadium-dependent haloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Enhygromyxa salina (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Loerch, S. / Baumgartner, J.T. / Balasco Serrao, V.H. / McKinnie, S.M.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM147235 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R24GM154185 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Separation of halide oxidation and substrate halogenation chemistries rationalizes site-selective vanadium dependent haloperoxidase catalysis
著者: Baumgartner, J.T. / Varga, L.A. / Calhoun, J.T. / Balasco Serrao, V.H. / Loerch, S. / McKinnie, S.M.K.
履歴
登録2025年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vanadium-dependent haloperoxidase
B: Vanadium-dependent haloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,8894
ポリマ－118,6592
非ポリマー2302
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Vanadium-dependent haloperoxidase


分子量: 59329.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enhygromyxa salina (バクテリア) / 遺伝子: DB30_06505 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C2CTX7
#2: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: vanadium-dependent haloperoxidase from Enhygromyxa salina bound to vanadate, and bromide
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.148 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Enhygromyxa salina (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES-KOH1
2300 mMPotassium chlorideKCl1
3100 uMsodium vanadateNa3VO41
420 mMPotassium chlorideKBr1
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Data was collected at 0.6 mg/ml and 0.06 mg/ml
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 1.5 sec blotting time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 13651

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cisTEM粒子像選択
4cisTEMCTF補正
7Coot0.9.8.92モデルフィッティング
9PHENIXdev_5246モデル精密化
10cisTEM初期オイラー角割当
11cisTEM最終オイラー角割当
12cisTEM分類
13cisTEM３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 27873297
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1249149 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 121.8 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00337374
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.569910096
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04251094
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00591340
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.74672568

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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