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万見
- PDB-9prc: HDAg complex with 86-pRNA, Body1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9prc
タイトルHDAg complex with 86-pRNA, Body1
要素
  • Palindromic RNA
  • Small delta antigen
キーワードVIRUS / HDV / HDAg / RNP / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / viral penetration into host nucleus / host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis delta virus delta antigen / Delta antigen, N-terminal / Hepatitis delta virus delta antigen / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Small delta antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis delta virus (D 型肝炎ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Itskanov, S. / Lansdon, E.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2026
タイトル: Structural characterization of the HDV virion and its ribonucleoprotein.
著者: Samuel Itskanov / Beatrice Ary / Upasana Mehra / Irene Lew / Nikolai Novikov / Uli Schmitz / Meghan M Holdorf / Rudolf K Beran / Eric B Lansdon /
要旨: Hepatitis D virus (HDV) is a small RNA satellite virus of hepatitis B virus (HBV) which encodes a single protein, HDV delta antigen (HDAg), that is required for replication. Viral replication occurs ...Hepatitis D virus (HDV) is a small RNA satellite virus of hepatitis B virus (HBV) which encodes a single protein, HDV delta antigen (HDAg), that is required for replication. Viral replication occurs independently from HBV and relies primarily on host RNA polymerase(s). Bulevirtide, a viral entry inhibitor, is the only approved treatment for chronic HDV but has a low cure rate as a monotherapy, and most patients rebound following cessation of therapy. It is likely that an inhibitor targeting HDV replication is necessary to achieve HDV cure, but the paucity of HDV-derived elements and limited understanding of HDV replication presents a significant therapeutic challenge. Understanding the precise mechanism of interactions between HDAg and viral RNA, and how it is packaged within the virion can inspire structure-guided drug design targeting replication. Using cryoelectron tomography and single particle cryoelectron microscopy, we present reconstructions of the virion and viral RNPs. We observed multiple binding configurations in vitro that suggest a propensity to arrange four RNA segments around repeating units of HDAg in a ladder-like formation. The oligomerization domains of a homo-octameric HDAg complex are directly involved in RNA binding by utilizing the vertices and sides of its square-shaped architecture to bind RNA in a sequence-promiscuous fashion. Structure-function analysis reveals that these RNA contact sites are important for viral replication and their disruption may be a potential avenue for next-generation antivirals to treat HDV.
履歴
登録2025年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.12026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small delta antigen
B: Small delta antigen
C: Small delta antigen
D: Small delta antigen
E: Small delta antigen
F: Small delta antigen
G: Small delta antigen
H: Small delta antigen
J: Palindromic RNA
K: Palindromic RNA
M: Palindromic RNA
P: Palindromic RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,16212
ポリマ－245,16212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Small delta antigen / S-HDAg / p24


分子量: 21854.631 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis delta virus (D 型肝炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6L3
#2: RNA鎖
Palindromic RNA


分子量: 17581.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: 86-nucleotide palindromic RNA sequence. Residues from the T7 promoter (GGGAGA) and EcoRI restriction site (GAAUU) are added to start and end of sequence, respectively. The portions of RNA ...詳細: 86-nucleotide palindromic RNA sequence. Residues from the T7 promoter (GGGAGA) and EcoRI restriction site (GAAUU) are added to start and end of sequence, respectively. The portions of RNA that could be traced in the map were modeled as poly(AU) due to uncertainty of residue identity.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationN
配列の詳細At the resolution of the map, the identities of the individual bases could not be determined. ...At the resolution of the map, the identities of the individual bases could not be determined. Therefore, the modeled fragments of RNA were modeled as poly(AU). The actual sequence of the palindromic RNA is GGGAGACCGCGGUCCUUGUUCGGUUGGCUCAUCUCGACUGGGCGACGGUUUCGUCGCCCAGUCGAGAUGAGCCGGCCGAACAAGGACCGCGGGAAUU.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of S-HDAg bound to 86-pRNACOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2S-HDAgCOMPLEX#11RECOMBINANT
386-pRNACOMPLEX#21SYNTHETIC
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Hepatitis delta virus (D 型肝炎ウイルス)12475
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 200mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5a粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.6.0CTF補正
10cryoSPARC4.6.0初期オイラー角割当
11RELION5最終オイラー角割当
13RELION5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1312415 / 詳細: Topaz (tbepler) particle picking
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 298422 / 詳細: Multibody refinement / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0046905
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5969947
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.4872238
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0271225
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004705

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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