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万見
- PDB-9pe0: CryoEM structure of the GSDME pore, C27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pe0
タイトルCryoEM structure of the GSDME pore, C27
要素Gasdermin-E, N-terminal
キーワードIMMUNE SYSTEM / Pore-forming protein / Innate immunity / Pyroptosis / Tumor immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of immune response to tumor cell / pyroptotic cell death / Release of apoptotic factors from the mitochondria / inner ear auditory receptor cell differentiation / wide pore channel activity / Regulation of TLR by endogenous ligand / programmed cell death / cardiolipin binding / Pyroptosis / pyroptotic inflammatory response ...positive regulation of immune response to tumor cell / pyroptotic cell death / Release of apoptotic factors from the mitochondria / inner ear auditory receptor cell differentiation / wide pore channel activity / Regulation of TLR by endogenous ligand / programmed cell death / cardiolipin binding / Pyroptosis / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Defective pyroptosis / sensory perception of sound / cellular response to virus / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell population proliferation / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gasdermin-E / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Teran, E. / Ni, D.C. / Wang, C.W. / Ruan, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the GSDME pore, C27 symmetry
著者: Teran, E. / Ni, D.C. / Wang, C.W. / Ruan, J.B.
履歴
登録2025年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gasdermin-E, N-terminal
B: Gasdermin-E, N-terminal
C: Gasdermin-E, N-terminal
D: Gasdermin-E, N-terminal
E: Gasdermin-E, N-terminal
F: Gasdermin-E, N-terminal
G: Gasdermin-E, N-terminal
H: Gasdermin-E, N-terminal
I: Gasdermin-E, N-terminal
J: Gasdermin-E, N-terminal
K: Gasdermin-E, N-terminal
L: Gasdermin-E, N-terminal
M: Gasdermin-E, N-terminal
N: Gasdermin-E, N-terminal
O: Gasdermin-E, N-terminal
P: Gasdermin-E, N-terminal
Q: Gasdermin-E, N-terminal
R: Gasdermin-E, N-terminal
S: Gasdermin-E, N-terminal
T: Gasdermin-E, N-terminal
U: Gasdermin-E, N-terminal
V: Gasdermin-E, N-terminal
W: Gasdermin-E, N-terminal
X: Gasdermin-E, N-terminal
Y: Gasdermin-E, N-terminal
Z: Gasdermin-E, N-terminal
a: Gasdermin-E, N-terminal


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)819,90327
ポリマ－819,90327
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Gasdermin-E, N-terminal / GSDME-NT


分子量: 30366.771 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSDME, DFNA5, ICERE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60443
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GSDME / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4.6.2粒子像選択
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
13cryoSPARCv4.6.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C27 (27回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17305 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化最高解像度: 3.64 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00351786
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74969903
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2796956
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0478289
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0048964

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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